Plusieurs types de passes Navigo sont disponibles en fonction, principalement, du type d'abonnement choisi par l'utilisateur.
Le passe Navigo classique est un passe gratuit, réservé aux personnes résidant ou travaillant en Île-de-France. Il permet de charger des abonnements de courte durée Carte Orange mensuels ou hebdomadaires. Ce passe est envoyé à domicile après demande auprès d’un guichet, d’un commerçant agréé ou par Internet sur le site du passe Navigo (voir la section de l'article). Ce passe est nominatif et présente la photo de l'abonné. En cas de perte ou de vol, le forfait et le passe sont remplacés moyennant une franchise de 8 € (prix au 01/07/2008).
Introduit en septembre 2007, le passe Navigo Découverte est un passe Navigo accessible à tous les voyageurs, franciliens ou non, créé à la demande de la CNIL qui exigeait une version anonyme du passe Navigo conformément au principe selon lequel « Aller et venir librement, anonymement, est l’une des libertés fondamentales dans nos démocraties. »
Ce passe permet de charger des abonnements de courte durée Carte Orange mensuels ou hebdomadaires. D'une durée de vie annoncée de dix ans, le passe Navigo Découverte est normalement en vente dans tous les guichets d'Île-de-France au prix de 5 € (prix au 01/09/2008). Disponible sans formalités, il est fourni avec :
Bien que ce passe soit anonyme, il est cependant demandé à l'utilisateur d'apposer lui-même son nom, prénom et sa photo sur la « carte nominative » afin de pouvoir prouver l'appartenance du passe. L'identification d'un usager lors des contrôles sur le réseau se fait visuellement en vérifiant que le numéro de la « carte nominative » est bien le même que celui de la carte à puce. En raison de l'étape manuelle que fait l'acheteur pour remplir sa carte nominative, il n'y a pas de fichier électronique recensant les titulaires de ce passe. Il est donc impossible de vérifier informatiquement l'achat d'un forfait par une personne.
Réservé aux étudiants souscripteurs d'un abonnement à la Carte Imagine'R, le passe Navigo Imagine'R ne peut contenir que les abonnements annuels Imagine'R. Il se caractérise par un design spécifique avec des nuages, propre à la charte graphique de l'abonnement Imagine'R. Ce passe est nominatif et présente la photo de l'abonné.
Cet abonnement est avantageux de par son prix pour les jeunes mais aussi par le fait qu'il est « dézoné » les week-ends, jours fériés et lors des vacances scolaires de la zone C. Le dézonage correspond à la « suppression » pure et simple des six zones tarifaires pour ce titre de transport, ce qui permet, ces jours-là, un accès illimité à tout le réseau à Paris et dans toute l'Île-de-France.
Réservé aux souscripteurs d'un abonnement à la Carte Intégrale, le passe Navigo Intégrale ne peut contenir que les abonnements annuels Intégrale. Il se caractérise lui aussi par un design spécifique. Ce passe est nominatif et présente la photo de l'abonné.