Alors que depuis l'Antiquité les spécialistes des plantes étaient clairement identifiés, du médecin à l'herboriste, et que cette séparation est encore en vigueur dans d'autres sociétés de par le monde, certaines plantes sont sacrées, préparées uniquement par la personne qui remplit la fonction de guérisseur.
En dehors de l'auto-médication familiale, la phytothérapie est utilisée en médecine sur conseils ou prescriptions de professionnels de santé, diplômés d'état (médecins, pharmaciens, dentistes, sages-femmes, vétérinaires, infirmières, kinésithérapeutes, etc.) ou de formation privée (naturopathes, ostéopathes, etc.). Une formation à cette discipline thérapeutique est assurée pour les professionnels de santé soit dans l'enseignement public (en France: Diplôme Inter Universitaire de 3ème cycle de la faculté de pharmacie de Clermont-Ferrand- Nantes, Diplôme Universitaire de la faculté de pharmacie de Besançon), soit dans des structures privées.
À titre d'exemple, une préparation pour tisane amaigrissante, vendue en pharmacie, a ainsi fait des victimes au début des années 1990 : une erreur de traduction a inclus une plante de la famille des aristoloches, très dangereuse, qui a entraîné des insuffisances rénales majeures et des cancers chez 110 personnes en Belgique.
La prise simultanée de plantes médicinales et de médicaments peut entraîner l'interaction des deux remèdes et l'apparition d'effets secondaires, parfois graves. Par exemple, le millepertuis peut inhiber l'effet de médicaments comme la digoxine, la théophylline, les anticoagulants à base d'anti-vitamine K, des contraceptifs oraux et certains antidépresseurs, ou d'autres moins utilisés comme la ciclosporine, des traitements contre l'infection à VIH (sida) comme l'amprénavir ou l'indinavir, ou certains anticancéreux.
Notons enfin que certains présentent la phytothérapie comme méthode « naturelle ». Cet argument du naturel est souvent de type publicitaire ou d'effet de mode jouant sur une ambiguïté : naturel égalerait « bénéfique » et « inoffensif » (alors que la nature n'est ni bonne ni mauvaise, la mort, la maladie, les venins ou les toxines étant naturels…). On estime que 5 % des intoxications sont dues aux plantes, parfois par des préparations phytothérapiques comme les aconits.