La prison Saint-Lazare, qui deviendra l'hôpital Saint-Lazare, était située dans les anciens bâtiments de la maison mère de la congrégation de la mission ou maison de Saint-Lazare, à Paris, 10e arrondissement au no 107 de la rue du Faubourg-Saint-Denis, dans l'ancien enclos Saint-Lazare.
Une léproserie placée sous l'invocation de saint Ladre ou saint Lazare, avait été fondée le long de la route de Paris à Saint-Denis à la limite de la zone marécageuse de l'ancien lit de la Seine au XIIe siècle, elle est cédée en janvier 1632 à Saint Vincent-de-Paul et à la congrégation de la Mission.
Dès le XVIIe siècle Saint-Lazare sera « la prison des fils de famille », Chapelle y sera interné en 1646 et laissera des textes sur Saint-Lazare, qu'on peut lire dans les Œuvres de Chapelle et de Bachaumont dont la et la , puis une prison spéciale pour épouses et jeunes débauchés enfermés sur la demande de leur famille, aliénés, prêtres indisciplinés.
En mars 1785 Beaumarchais y sera enfermé quelques jours et juste avant la Révolution Sylvain Maréchal y fera quatre mois de prison pour son Almanach des Honnêtes Gens.
En 1792-1793, sous la Révolution, les Lazaristes sont dispersés suite au décret de la Convention sur la suppression des Ordres religieux et en 1794 un autre décret de la Convention reconnaît Saint-Lazare comme prison.
La prison Saint-Lazare est cédée au département de la Seine par un acte du 9 avril 1811.
C'est une prison et un « hôpital-prison », en effet dès 1802 (voir aussi Histoire de la prostitution en France) avait été établie la visite médicale obligatoire des prostituées, les maisons closes se développent rapidement et sont taxées par l'état, elles sont, comme les filles, contrôlées par la Brigade des mœurs. Les filles de rue sont alors dites « en carte » et celle des maisons closes sont dites « à numéro ». Les « insoumises » sont punies, à Paris la seconde section de Saint-Lazare, lieu de punition et hôpital pour les prostituées, voir ci-dessous, remplit ce rôle, l'internement administratif y est possible sur simple avis médical, cela perdurera jusqu'à la loi Marthe Richard du 13 avril 1946 qui ferme les maisons closes.
À l'occasion de la démolition de l'église Saint-Lazare, qui menaçait ruine, en 1823 l’administration pénitentiaire décide de réorganiser l’ensemble des bâtiments.
L'ancien édifice de la prison est rasé vers 1824, la construction de la nouvelle chapelle, qu'on peut voir au fond du square Alban-Satragne, et de l’infirmerie est alors confiée à Louis-Pierre Baltard par le comte de Chabrol, préfet de la Seine.
On fait également élever des murs et un chemin de ronde.
L'architecte y construit en 1834 l'« infirmerie spéciale », pour soigner les femmes de la prison Saint-Lazare.
Pour l'année 1837 c'est un total de 11 063 « femmes et jeunes filles » qui sont passées par Saint-lazare.
A partir de 1838, à l'initiative du baron Delessert, alors préfet de police de Paris, la garde des détenues est assurée par des femmes, ce sont les Sœurs de Marie-Joseph, dites Sœurs des prisons, qui assurent cette tache à partir de 1849 ou 1850.
Vers 1857 la prison Saint-Lazare, placée sous l'administration de la Préfecture de police, renferme une population générale de 1 300 détenues environ, elle est divisée en trois sections principales, la première contient les prévenues et condamnées, la seconde est à la fois un lieu de punition et un hôpital pour les prostituées, la troisième est affectée aux jeunes filles renfermées soit par application des articles 66 et 67 du Code pénal, soit par voie de correction paternelle.
« Ces jeunes filles, dont l'état intellectuel offre un grand intérêt pour le médecin et le moraliste, sont pour la plupart de malheureuses petites créatures que l'on enferme dès l'âge de sept à huit ans pour abriter leur enfance contre les atteintes funestes de la corruption. Rien de plus digne d'éloges que le but que se propose l'autorité en enlevant ces pauvres petites filles, les unes à d'infâmes parents qui les vouaient à une vie honteuse, les autres à des parents faibles ou impuissants à les gouverner, à les protéger, et en les maintenant sous sa tutelle jusqu'à seize, dix-huit et vingt ans. »
— S. Rossignol, Aperçu médical sur la maison de Saint-Lazare p. 8
Au 31 décembre 1856 il y a 48 jeunes filles mineures détenues à Paris, dont 33 à la prison Saint-Lazare par voie de correction paternelle
Toujours vers 1857, la durée de traitement dans la seconde section est de 45 jours pour les « filles publiques inscrites » et de 3 mois pour les « insoumises », la sortie de l'hôpital-prison n'est possible qu'après une contre-visite assurée par la préfecture.
Pour l'année 1885 c'est un total de 10 907 « femmes et jeunes filles » qui sont passées par Saint-lazare.
En 1913 les anciennes cryptes du XVIIe siècle existaient toujours, elles feront l'objet d'une demande de classement, en 1971 le parking souterrain « Magenta Alban Satragne » occupera l'espace.
La prison Saint-Lazare a émis de la monnaie de nécessité qui n'est hélas pas datée. En France c'est la période de 1914 à 1926 qui constitue l'âge d'or de la monnaie de nécessité. La monnaie de nécessité de Saint-Lazare comportait des pièces de 5 centimes, 25 centimes, 50 centimes, 1 franc, 2 francs et même 5 francs.
La prison Saint-Lazare est le cadre de la chanson d'Aristide Bruant À Saint-Lazare.
La prison Saint-Lazare est fermée en 1927.