Les troupes d' occupation américaine vont rechercher les premiers indices concernant l'acte criminel. Leur service de la censure découvre des indices importants dans une correspondance du 20 mai 1946 entre le décanat protestant de Geislingen et la seconde paroisse protestante de Ludwigsbourg. Ce document traite de la réadmission dans l'église de Rudolf Mayer, qui est désigné entre autres comme un des instigateurs de la destruction de la synagogue de Göppingen. Les Américains demandent des informations complémentaires au décanat et apprennent qu'il est de notoriété publique que Rudolf Mayer et un certain Hauf (en fait Kapff) sont les responsables. A l'époque, Mayer se trouve dans un camp d'internement à Ludwigsbourg et Kapff a été condamné à la prison à vie en mai 1946.
En novembre 1946, le journal Neuen Württembergischen Zeitung publie un article sous le titre « Un crime a été commis - Qui en sont les auteurs? » qui indique: « Le crime commis à Göppingen reste pour l'instant impuni. Les auteurs, participants et décideurs de l'incendie ne sont toujours pas identifiés ni les coupables condamnés. » En plus, le journal lance un appel pour que tout renseignement pertinent sur le sujet soit fourni à la chambre de dénazification ou à la rédaction du journal.
L'enquête démarre suite à une lettre du comité local de Göppingen de la confédération des syndicats, envoyée à la direction de la police, accompagnée du témoignage d'un habitant d'Eislingen concernant l'incendie. Suite à quoi, la chambre criminelle dépose une plainte pour suspicion de crime d'incendie d'une synagogue et suspicion de violation de la paix publique. Les policiers de service dans la nuit du 9 au 10 novembre sont alors entendus. Le livre de service du poste de police saisi mentionne à cette date, qu'aucun agent de police ne doit se rendre en patrouille en ville jusqu'à 4 heures du matin. Les policiers confirment à l'unanimité qu'entre 1 heure et 2 heures du matin, des hommes de la SA sont venus au poste de police en disant: « La foule est déchaînée. » Ils auraient plus tard reconnu une action contre les Juifs et que la synagogue devait être détruite ou était déjà en flamme.
L'interrogation des témoins oculaires et des acteurs appelés au fur et à mesure à comparaitre n'apporte que des déclarations en général contradictoires ou lénifiantes. Le sergent Gessner qui dirige une grande partie des interrogatoires, résume ainsi, selon son point de vue les réponses obtenues: « de nombreux témoins ne veulent plus rien savoir » et « tous sont unanimes dans leur désir de ne rien dire qui puisse conduire eux, ou les autres, dans un quelconque embarras. »
Le 29 septembre 1948, le procureur général envoie son acte d'accusation au tribunal correctionnel de la cour de justice d’Ulm. Il renvoie devant la cour 15 personnes sous l’accusation de trouble à la paix publique et incendie criminel. Quatre policiers qui font partie de la liste, sont radiés de cette liste avant le procès, car il n’a pu être prouvé qu’ils ont donné des ordres pour l’arrestation des Juifs ou parce que les accusations portées contre eux ne justifient pas de condamnation.
Erich Hagenmeyer, le ‘’Brigadeführer’’ (général de brigade) de la SA d’Ulm et par la suite député au Reichstag est aussi supprimé de la liste car il a déjà été reconnu coupable de crime contre l'humanité, à savoir, l'incendie de la synagogue de Bad Buchau. Là-bas, comme l'incendie criminel avait échoué la première fois, il était repassé le lendemain à Bad Buchau pour terminer son acte. Convoqué en tant que témoin, Hagenmeyer se comporte de façon arrogante et simulant l’ignorance devant le tribunal, quand on l’interroge sur sa déclaration à la SA de Geislingen. Il déclare :
« Lors de mon appel téléphonique, je n'ai pas exigé que l'on me rende compte de l'exécution de mon ordre. Que les synagogues aient été incendiées, en fait, je ne l'ai appris que peu de temps après les incendies. Plus tard, il m'est venu à l’oreille que la synagogue de Göppingen avait totalement brûlé. Les noms des incendiaires ne me sont pas connus. »
Le verdict de la cour est rendu le 23 et 24 juin 1949. Sur les dix accusés, deux sont acquittés dont l'ancien sous-préfet Nagel. Dans le cas du sous-préfet, les juges ont estimé qu'il ne pouvait entreprendre aucune action de vraiment efficace, lors de la nuit de Cristal, pour contrer la violence des nervis du NSDAP et de la SA. Toutefois la cour fait remarquer que si ses paroles désapprobatrices, au cours de cette nuit là, ont joué en faveur de Nagel, il faut aussi constater que de nombreux partisans du mouvement national-socialiste « désapprouvaient ces exactions, mais participaient tout de même parce qu'ils croyaient, malgré leur déception personnelle, en l'idéologie nazie par amour de l'Allemagne, et qu'ils suivaient toujours et partout les explications données par les dirigeants nazis. »
La peine la plus sévère fut pour l'ancien Kreisleiter (chef du district), Imanuel Baptist qui pour les crimes d'atteinte à la paix civile et d'incendie criminel se voit condamner à une peine de deux ans de prison, dont est déduit son année de camp d'internement, et suspension de ses droits civiques pendant trois ans. Sept autres accusés sont reconnus coupables d'atteinte à la paix civile, dont Schraag et Fenchel qui sont condamnés respectivement à douze mois et vingt mois de prison. A l'exception d'un accusé, tous les autres se sont déclarés innocents. Le SA de Geislingen qui a avoué, a clairement répété que: « le but de l'expédition à Göppingen était d'incendier et de détruire par le feu la synagogue. » Le ‘’Kreisleiter’’ Baptist a toujours nié, lors des interrogatoires pendant sa garde à vue à Rastatt, toute implication dans les crimes dont on l’accuse: « Je n'ai jamais demandé, ni ouvert une enquête, ni appris comment l'incendie s'est produit et qui en étaient les auteurs. Malgré mon poste, je n'aurais pas été en mesure d'empêcher les auteurs de mettre en œuvre leur plan. Je me sens non coupable, car je ne suis pas impliqué. » Devant la cour, il s'est défendu en affirmant que la nuit en question, il avait pris des mesures préventives afin d'empêcher le pillage par des éléments troubles. C'est pour cette raison qu'il avait récupéré les patrouilles de police et cherché du renfort parmi les rangs du parti nazi. Concernant l'incendie de la synagogue, il a répété plusieurs fois à la cour, qu'il n'avait pas pu l'empêcher, car il n'avait aucun pouvoir sur les SA et que lui-même n'approuvait pas cette action. Mais la cour en a jugé autrement.
L'accusé Schraag a tout nié. Même s'il est certain qu'il connaissait clairement les intentions des SA, la cour n'a jamais pu prouver sa participation directe dans l'incendie de la synagogue ni dans la destruction des vitrines du grand-magasin Lendt et des fenêtres de l'hôtel Dettelbacher. Fenchel, lui, a affirmé à la cour, qu'il ne se trouvait pas dans les parages de la synagogue, mais « errait dans les rues de Göppingen. » Le tribunal n'a donné aucune foi à son témoignage, surtout que plus tard, il s'est vanté, selon plusieurs témoins, d'avoir mis le feu à la synagogue.
La cour n'a pas pu déterminer avec certitude, que Baptist, Schraag et Fenchel étaient les instigateurs de ces crimes. En ce qui concerne l'arrestation de citoyens de confession juive, Schraag, Baptist et quatre autres personnes seront accusés, mais la cour tiendra compte que l'ordre de l'arrestation a été émis par une autorité de l'État, le Reichssicherheitshauptamt (Office central de la sécurité du Reich). Les avocats ont donc plaidé l'acquittement de leurs clients. Avec les remises de peine, Baptist sort de prison le 17 septembre 1950, et récupère la totalité de ses droits civiques à l'été 1954.
Le tribunal d'Ulm a jugé légalement les auteurs de l'incendie de la synagogue. La municipalité de Göppingen quant à elle doit faire face à la question de savoir si l'acquisition du terrain de la synagogue a été réalisée dans des conditions normales. L'organisation qui prend en charge les intérêts de la communauté juive demande la restitution du terrain de la synagogue, de celui du rabbinat et du cimetière juif dans la Hohenstaufenstraße.
Un contrat de vente a été conclu en juin 1939, et mis à exécution seulement en 1941. Mais la communauté juive de Göppingen n'a eu aucune possibilité de discuter le prix et n'a pu qu'entériner un prix très bas. Le 30 septembre 1949, à Ulm, le médiateur chargé des indemnisations arrive à un compromis entre la ville de Göppingen et la JRSO (Jewish Restitution Successor Organization) basée à New York, qui sera accepté à l'unanimité par le conseil municipal de Göppingen, quelques semaines plus tard. Le contenu essentiel de cet accord prévoit que la ville paiera la somme de 53 000 DM en contrepartie de l'abandon de la demande de restitution des terrains, et de son engagement à conserver et à entretenir en permanence la section juive du cimetière. Dans l'accord, la ville mentionne que le terrain de la synagogue, situé au centre ville, à l'angle sud-est de la Freihofstraße et de la Burgstraße, est actuellement "inhabité" et partiellement utilisé comme jardins ouvriers. Jusqu'en 1971, seul cet espace vide rappelle les évènements survenus en 1938.