Il existe quatre principales complications du SGB qui justifient que le patient soit dans certains cas hospitalisés dans une unité de réanimation.
Il existe également des complications ne mettant pas en jeu le pronostic vital du patient mais occasionnant une gène importante, ce sont les rétractions tendineuses due à l'absence de mouvements, elles peuvent être prévenues grâce à la kinésithérapie.
Claude Pinault a été atteint d'un syndrome de Guillain Barré de forme axonale sévère. De cette maladie, il en a tiré un récit Le Syndrome du bocal, qui a reçu le prix Paroles de patients 2009, publié chez Buschet Chastel.
Le quart des patients requiert une ventilation assistée en raison de la faiblesse des muscles respiratoires.
La mortalité est d'un peu moins de 10%. Elle est essentiellement secondaire à des troubles du rythme cardiaque, une infection ou à une embolie pulmonaire. Pour les formes sévères (troubles de la déglutition et paralysie des muscles respiratoires nécessitant une ventilation mécanique), elle atteint 20%.
Il existe un risque de séquelles à long terme : de 5 à 15 % des patients demeureront invalides à plus ou moins long terme. 35 % environ se plaignent d'anomalies légères à long terme comme des étourdissements.