La fibropapillomatose est une maladie de peau des tortues marines.
Les populations de tortues de mer semblent avoir été autrefois très denses et importantes. Leur chasse à grande échelle pour leur viande, graisse ou carapace semble ancienne, et les populations côtières ont « toujours » récolté les œufs de tortues.
Aux Antilles, parmi les premiers chroniqueurs, le Père Breton, le Père Du Tertre et le Père Labat estimaient qu'elles étaient sans doute déjà moins nombreuses que quand les premiers habitants de ces îles les ont découvertes vers 2000 ans avant J. C.. Mais au XVIème et XVIIème siècles, ces reptiles étaient encore très communs. Le Père Du Tertre (1667-1671) pour la Guadeloupe écrivait : « (...) on ne saurait croire combien de lamantins, de tortues et tous les autres poissons se plaisent autour des îlets. Il semble que la grande mer s’en épuise pour les remplir ; car je suis très certain que pendant les dix premières années que l’isle a été habitée, on a tiré chaque année plus de trois à quatre mille tortues, un très grand nombre de lamantins, et que l’on en tire encore tous les jours quantité, et il s’en tirera jusqu’à la fin du monde sans les épuiser (..). ». Cette prédiction ne s'est par réalisée. En 1976, Kermarrec parlait pour la zone caraïbe d'un véritable génocide, qui a, au début des années 1990, engagé l'administration française à, théoriquement, strictement protéger les tortues marines des Antilles françaises. 15 ans après, un début de restauration des effectifs de certaines espèces de tortues marines semble en cours dans les caraïbes françaises.
Mais dans le monde, toutes les tortues marines restent menacées, la tortue luth étant en danger critique d'extinction (liste rouge de l'UICN).
La plus grande menace actuelle est la pêche accidentelle au palangrier ou au chaluts, notamment lors de la pêche au thon. Il est estimé que 40 000 tortues meurent chaque année de la pêche au palangrier. D'après des chercheurs du 24e congrès sur la conservation et la biologie des tortues marines au Costa Rica, la tortue luth n'a plus que dix ans avant extinction si rien n'est fait pour régler ces problèmes.
Des changements simples et peu chers comme des hameçons plus gros ou des pièges dont les tortues peuvent s'échapper peuvent faire chuter de manière spectaculaire le taux de mortalité.
D'autres dangers sont les déchets marins flottants tels que des filets de pêches abandonnés dans lesquels elles sont piégées et se noient ou les sac plastiques qu'elles prennent pour des méduses (un de leurs aliments) et leur provoquent des occlusions digestives et/ou un faux sentiment de satiété.
Le développement touristique ou l'urbanisation de certaines plages de ponte est également une sérieuse menace pour les tortues de mer. Il y a donc eu un mouvement pour protéger ces zones de ponte, parfois même par la police. Dans certains endroits comme en Floride, après qu'une tortue a pondu ses œufs, ceux-ci sont ramassés et replacés dans des nurseries où ils sont protégés. Ce n'est pas la meilleure solution car les tortues reviennent pondre sur leur plage d'origine.
La pollution lumineuse est une autre cause de mortalité, mais la réglementation de l'éclairage peut éviter que les bébés tortues ne confondent les lumières artificielles avec celle de la Lune ou du Soleil sur la mer et n'aillent dans la mauvaise direction après l'émergence.
Le braconnage et le marché noir de la viande ou des œufs de tortue reste un problème dans le monde entier, spécialement en Inde, Indonésie et chez les nations côtières d'Amérique latine. Des estimations font état de 35 000 tortues tuées par an au Mexique et autant au Nicaragua.
Sur les plages au moment de la ponte, les tortues sont renversées sur le dos, puis au petit matin emmenées. Mais beaucoup de tortues sont prises dans des filets fixes ou dérivants. En Haïti les pêcheurs utilisent des dispositifs appelés "fol" constitués d'une nappe de filet avec beaucoup de mou. Un autre dispositif de capture appelé "bobèche" est composé de morceaux de bois rappelant la forme d'une tortue et l'ensemble est recouverte d'alèses de filets dans lequel vient s'emmêler la tortue mâle qui croyait avoir affaire à une femelle.
Dans l'Océan Indien et dans l'Océan Pacifique, la queue d'Echeneis naucrates, un rémora, est attachée et la tortue est pêchée lorsque celui-ci se fixe sur sa carapace.
Les polluants chimiques et plus particulièrement les métaux s'accumulent dans le foie, les reins et les muscles des tortues marines. Cette accumulation de polluants pourrait avoir un rôle dans la propagation de maladies comme la fibropapillomatose.
La dégradation des mers et de la barrière corallienne est une menace pour les populations de certaines espèces.
Les constats alarmistes sur les populations de tortues marines ont poussé les instances internationales à les considérer en danger d’extinction. Depuis 1981, toutes les espèces sont inscrites à l’annexe I de la Convention de Washington. Malgré cela, les effectifs diminuent.
Des campagnes d'éducation ont été lancées au Mexique et aux États-Unis impliquant des personnalités comme Jean-Paul II, Dorismar, Los Tigres del Norte et Mana.
De septembre à mars, trois espèces de tortues marines, dont la tortue luth, la plus grande, viennent pondre sur la plage de Mexiquillo, ville du Mexique. Menacées par le braconnage et l'urbanisation, elles sont protégées par la Profepa, un organisme d'État, avec la collaboration des Indiens Nahuas. Pendant la saison de ponte, un contingent de la marine nationale arpente les 36 km de plages classées réserve naturelle depuis 1986.
Des tortues marines blessées sont parfois secourues et soignées par des organisations comme le Marine Mammal Center en Californie.
Pour empêcher les captures accidentelles par les chalutiers, les américains ont mis en place un dispositif d’exclusion des tortues qui permet de les limiter.
Les tortues imbriquées, vertes, luths, caouannes et olivâtres sont, aux Antilles françaises, concernées par un plan de restauration, plan local et régional. Ce plan est subdivisé en :
Depuis les années 1970, quelques élevages marins de tortues ont été créés dont des fermes intégrant des tortues imbriquées. cependant ces élevages sont contestés. Leurs objectifs sont quadruples :
Le quatrième point est le plus controversé, en favorisant un commerce légal il entraine nécessairement un trafic parallèle de carapaces de tortues sauvages. D'autre part, il est très difficile de contrôler si les œufs sont des œufs de nids sauvages pillés ("ranch") ou obtenus suite à l'accouplement d'adultes déjà en captivité ("ferme").
Ces élevages se font généralement en bassin fermé (toute tentative en bassin ouvert ayant échoué). Leur alimentation, habituellement très pauvre en calories, impossible à reproduire en captivité et qui entraîne une croissance lente, est modifiée. Elle est plus riche en protéines. L'eau est également chauffée pour accélérer leur croissance. Ces projets sont généralement jugés non rentables en raison des coûts liés à l'entretien des bassin et à la surveillance médicale, sauf les élevages de tortues imbriquées qui pourraient s'avérer économiquement fiables en raison de la valeur de son écaille. L'absence de certitudes quant à l'effet d'un relâchage et la possibilité de provoquer des épidémies dissuadent les gouvernements de soutenir ces initiatives. Ils semblent avoir tous fermé.