Toulon ne dispose pas sur sa zone communale, de son propre aéroport. En effet, l'Aéroport de Toulon géré par la Chambre de commerce et d'industrie du Var est situé à une vingtaine de kilomètres à l'est de la ville, sur la commune de Hyères. Cinq destinations sont desservies directement, uniquement en Europe: Bruxelles, Brest, Londres, Paris, Rotterdam et Stockholm . D’autres destinations en correspondances existent via Paris-Orly. Toutefois, l'aéroport de Toulon souffre également de la proximité des aéroports de Marseille (90 kilomètres) et de Nice (137 kilomètres). Une navette effectue la liaison avec la gare routière de Hyères, en attendant la liaison directe par le train. Avec 629 412 passagers en 2008, le trafic global de l'aéroport varois a affiché une baisse de 2,58 % par rapport à l'année précédente et place ce dernier comme l'un des derniers aéroports français en termes de passagers.
Toulon dispose d'un réseau cyclable qui emprunte les avenues les moins engorgées par les automobiles, où il est possible de faire place aux bandes sécurisées pour cyclistes, sans augmenter les embouteillages et sans prendre des mesures contraignantes pour réduire la circulation automobile (mesures forcément impopulaires). De ce fait, Toulon ne possède pas encore de traversée complète : celle-ci est promise pour 2012, après l'ouverture du second tunnel. Chaque jour quelques centaines de personnes empruntent ce réseau cyclable, mais dans le centre ville, là où pour créer des bandes sécurisées il eut fallu réduire le volume de la circulation automobile par des mesures contraignantes qui suscitent les protestations des automobilistes, les cyclistes doivent circuler parmi les voitures. Seuls les plus sportifs s'y risquent (pour beaucoup, des militaires travaillant à l'arsenal) et comme de nombreuses entreprises disposent de vastes parkings (y compris dans l'arsenal) la plupart des travailleurs préfèrent l'automobile. La sortie des écoles est également une source d'engorgement, la plupart des parents n'imaginant pas d'autre moyen que l'automobile (souvent de grande capacité) pour véhiculer leurs enfants.
Depuis la suppression en 1948 du train à voie métrique surnommé macaron ou Train des Pignes, reliant Toulon à Hyères et Saint-Tropez, une piste cyclable du littoral relie les plages de l'Almanarre, à Hyères à la sortie est de Toulon. À la sortie ouest de la ville, une autre piste mène désormais vers les quartiers ouest de Lagoubran.
Lors de l’assemblée générale du 25 avril 2009, la FUBicy a attribué son Clou rouillé à la ville de Toulon pour la timidité de sa politique cyclable.
Quelle que soit la "bonne volonté" des municipalités, les embarras de Toulon, ville resserrée entre mer et montagne, dureront probablement tant qu'il y aura des énergies fossiles pour faire rouler des automobiles.
La ville possède en son centre d'importantes installations portuaires. Le port de Toulon qui bénéficie d’une situation centrale et privilégiée en Méditerranée occidentale dispose d'une activité importante sur plusieurs sites. Géré par la Chambre de commerce et d'industrie du Var les activités commerciales se situent à l’intérieur d’une rade très protégée par la Marine nationale qui accueille de multiples activités tel que le commerce, la plaisance et la pêche. Toulon dispose d'une gare maritime accessible par le quai Cronstadt qui permet aux voyageurs d'être desservis sur les communes de La Seyne et de Saint-Mandrier par le réseau Mistral. Des compagnies privés effectue des trajets sur l'île de Porquerolles à Hyères durant toute l'année.
Longtemps délaissé par les compagnies maritimes de navigation, Toulon est aujourd'hui le principal port à destination de la Corse, avec près de 1 million de passagers par an. Cet essor est la conséquence de l'arrivée, en 2001, de la compagnie Corsica Ferries qui relie à l'année la cité varoise à Bastia et Ajaccio. En période estivale, des trajets vers Ile Rousse, en Balagna, sont proposés.