Cette partie est organisée autour de l'ancienne villa républicaine, avec une orientation nord-est / sud-ouest suivant à peu près la rivière qui coule dans un vallon identifié parfois avec le vallon de Tempé.
L'hospitalia, située non loin des bibliothèques, se composait de dix chambres réparties de part et d'autre d'un couloir central. Il ne s'agirait pas, comme l'on a longtemps cru, d'un hôtel destiné à recevoir les invités de l'empereur, mais d'un logement pour des soldats d'élite de la garde prétorienne qui y dormaient à trois par chambre. Ceux-ci disposaient aussi d'un autel dédié au culte impérial et de latrines. Les mosaïques en "opus tessellatum" — technique de mosaïque grossière de plusieurs centimètres — qui jonchent le sol de ce bâtiment s'opposent à celles du palais, de meilleure qualité, ce qui autorise l'interprétation de l'hospitalia comme bâtiment de service.
La Salle des Philosophes était une grande salle contiguë au palais et faisant partie de Pœcile. On lui a donné ce nom est supposant que s'y réunissaient les philosophes et écrivains protégés par le mécénat d'Hadrien. Ils exposaient dans cette salle leurs idées philosophiques et y déclamaient leurs œuvres littéraires à la cour.
On s'est longtemps demandé à quoi pouvaient servir les niches présentes dans l'abside. On a d'abord supposé qu'elles servaient de bibliothèques (d'où l'hypothèse ci-dessus de la présence des philosophes) ; il est plus probable que ces niches abritaient des statues des grandes figures de Rome.
Le palais ayant été en partie construit pendant l'époque républicaine, Hadrien n'a fait que remanier ce bâtiment qui est construit sur un plan très simple, contrairement à la Place d'Or voisine. Le côté occidental du palais étant complètement dépourvu de constructions, cet espace était probablement occupé par un jardin.
Le secteur de l’Académie occupe la partie la plus haute de la Villa, sur une vaste esplanade de plus de 200 m de long, qui domine au sud-ouest une pente assez raide où coule un petit cours d’eau. L’autre côté de l’esplanade se creuse du vallon du Canope. À l’extrémité ouest de l’esplanade se dresse la tour médiévale de Roccabruna. À l’opposé, un complexe de bâtiments comprend l’Académie à l’architecture curviligne, puis un péristyle qui précède un temple à coupole. On propose d’y voir un temple dédié à Jupiter, en raison de sa position la plus élevée, traditionnelle pour les temples de Jupiter. D’autres auteurs l’attribuent à Apollon.
Cette partie de la Villa offre la vue la plus ample et la plus belle sur le reste du paysage, ce qui a amené quelques auteurs à y situer le Palais résidentiel d’Hadrien et à la nommer « Petit Palais ». En l’absence de fouilles scientifiques dans ce secteur, cette déduction basée un peu légèrement sur l’esthétique n’est pas validée.
On suppose, au vu des grands espaces résidentiels de la Villa, qu'elle devait accueillir environ 3000 personnes, c’est-à-dire une cour, des domestiques et des vigiles prétoriens, soit un population nombreuse. Les privilégiés de cette population logeaient dans le palais même en compagnie de l'empereur, les courtisans de second rang, les soldats de garde et les serviteurs devaient se contenter de logements modestes comme l'Hospitalia. La même ségrégation existait quand il s'agissait de baigner: les petits thermes pour la première classe, les grands pour les autres. Mais même à l'intérieur de chacun des thermes, un deuxième tri se faisait car, à l'époque, les femmes pouvaient entrer le matin, les hommes l'après-midi. Les archéologues, pour déterminer le profil des occupants de chaque construction, ont toujours fait attention au type de mosaïques, les plus fines (opus vermiculatum) pour l'élite, les plus grossières (opus tesselatum) pour le commun.
L'activité de la villa, les chantiers permanents, le ravitaillement des résidents provoquaient vraisemblablement une circulation incessante et tumultueuse. D'où une brillante idée que l'on attribue à son architecte propriétaire : établir un réseau souterrain s'appuyant tout d'abord sur les caves créées par l'extraction du tuf et de la pouzzolane nécessaires à la construction des bâtiments ; ces passages souterrains furent agrandis considérablement, de manière à former un réseau desservant la villa entière du théâtre au lycée. Les galeries étaient creusées à sept mètres sous terre, hautes de cinq mètres en moyenne, et longues de 100 à 300 mètres ; elles étaient éclairées par des torches disposées tous les 10 mètres. Ces galeries comportaient des points où 260 chevaux pouvaient se reposer : ces "parkings" souterrains pouvaient accueillir 200 chariots qui arrivaient chargés de nourriture et en ressortaient à vide.
On peut imaginer ainsi la vie d’Hadrien dans sa villa : il fréquentait le Théâtre maritime, petit sanctuaire où il se livrait à l'otium ( temps de loisirs où il s'adonnait à la divination, à la lecture... ) et, pour célébrer en quelque sorte la mystique de la fonction impériale, point central du monde d'où rayonne la toute-puissance, se rendait en son centre tous les jours à midi pour recevoir - par une ouverture pratiquée intentionnellement dans le toit - un peu de lumière solaire tombant sur lui.(Hadrien y siégeait-il en majesté, comme il le faisait dans le Panthéon de Rome, pour rendre la justice ??) Il discutait avec les philosophes, dans une salle contiguë réservée à la culture, allait voir des représentations théâtrales, et dînait dans l'alcôve du Sérapéum en compagnie de quelques proches. Dans les dernières années de sa vie pendant lesquelles il vécut dans la villa, il ne disposait pour les activités sportives que d'une palestre assez éloignée du palais, mais il avait déjà pensé à ce point et veillait au chantier d'un grand stade situé entre les thermes et le Pœcile.