Lorsque le programme américain d’armes biologiques a pris fin en 1969 ce virus était l'un des sept qui avait été utilisé pour élaborer des armes biologiques produites industriellement.
Des foyers du virus de l'encéphalite équine du Venezuela se sont déclarés en Amérique centrale et dans les pays sud-américains. Ce virus a été isolé en 1938, et des flambées ont été signalées dans de nombreux pays depuis lors. Le Mexique, la Colombie, le Venezuela et les États-Unis sont quelques-uns des pays qui ont signalé des flambées épidémiques. Entre Décembre 1992 et Janvier 1993, l'Etat vénézuélien de Trujillo a connu une épidémie provoquée par ce virus. Au total, 28 cas de maladie ont été signalés dont 12 ont entrainé le décès. En Juin 1993 est survenue une épidémie plus importante, puisqu’elle a entraîné la mort de 55 hommes ainsi que de 66 équidés. Un épisode beaucoup plus important s'est produit au Venezuela et en Colombie en 1995. Le 23 Mai 1995, des cas semblables à l’encéphalite équine ont été signalés dans la partie nord-ouest du pays. Finalement, l'épidémie s'est étendue davantage vers le Nord comme vers le Sud. L’épidémie a provoqué environ 11.390 cas de fièvre chez l'homme ainsi que 16 décès. Environ 500 cas équins ont été signalés avec 475 morts. Une épidémie de cette maladie a eu lieu en Colombie en Septembre 1995. Cette épidémie a entraîné 14.156 cas humains qui sont attribuables au virus de l'encéphalite équine du Venezuela avec 26 décès humains. Une explication possible de la gravité de ces foyers a été la quantité de pluie particulièrement importante qui est tombée. Cela pourrait avoir entraîné une prolifération de moustiques qui pourraient vecteurs de la maladie. Une explication plus plausible met en cause la déforestation qui a provoqué un changement des espèces de moustiques. Culex taenopius qui préfèrent les rongeurs a été remplacés par Ochlerotatus Taeniorhynchus qui est plus susceptible de piquer les humains et les grands animaux comme les équidés.
En avril 2009, le US Army Medical Research Institute of Infectious Diseases, à Fort Detrick a signalé que l’on avait constaté la disparition d’échantillons du virus de l'encéphalite équine du Venezuela au cours de l'inventaire d'échantillons stockés par un centre de recherche. Il a également été signalé que les échantillons étaient probablement parmi ceux qui avaient été détruit à la suite du dysfonctionnement d’un congélateur.