Bérengère de Navarre tint à sa mort, à se faire inhumer au sein même de l'abbaye. Le doute demeure quant à l'endroit exact où elle s'est fait inhumer, car si son gisant est bien là aujourd'hui, on ne sait avec certitude où son corps fut déposé. Pierre Térouanne trouva en 1960, un squelette de femme complet et intact dans le sous-sol de la salle capitulaire. Une petite boîte de chêne a toujours suivi le gisant de la reine, malgré ses multiples pérégrinations depuis la révolution. Sur cette boîte était marqué Ossa Berangeria / 1230-1672-1821-1861. Pourtant, la reine est décédée alors même que l'abbaye n'a pas fini de sortir de terre. La seule possibilité aurait été celle de l'inhumation dans l'abbatiale. Sa dépouille serait ainsi située sous le gisant actuel, une œuvre d'art médiéval du milieu du XIIIème siècle. Le style du gisant est proche de celui d'Aliénor d'Aquitaine à l'abbaye de Fontevrault. La reine est couchée sur le dos, vêtue d'une longue robe resserrée à la taille par une ceinture. La couronne royale est posée sur sa tête, elle-même reposant sur un coussin. À ses pieds est représenté un lion terrassant un lévrier. La couronne et le lion sont les symboles de la royauté alors que l'escarcelle se situant près de sa ceinture, représente la générosité. Entre ses mains, repliées sur sa poitrine, la reine tient un livre dont la couverture représente son propre gisant. En 1365, l'incendie a beaucoup atteint l'édifice et le gisant fut certainement déplacé dans la salle capitulaire. Il fut, et c'est une certitude, amené dans l'abbatiale en 1672. Il y demeura jusqu'à la révolution et jusqu'à la revente de l'édifice comme bien national du clergé. Le bâtiment devint une gigantesque grange agricole et le gisant fut vulgairement enfoui sous la paille. Il fallut l'intervention de Charles Albert Shotard, envoyé spécialement d'Angleterre pour veiller aux gisants des Plantagenêts, pour que le tombeau soit respecté. Le propriétaire de la grange abbatiale, Pierre Thoré, se résoudra à se séparer du gisant quelques temps après. Il sera transféré dans le croisillon Nord de la Cathédrale en décembre 1821. En 1861, le gisant est déplacé vers le croisillon sud pour laisser place au gisant de monseigneur Bouvier. En 1920, le gisant fait machine arrière et est de nouveau transféré dans le croisillon nord, pour faire place au monument des prêtres du diocèse morts pour la France. C'est en 1970 que le gisant est finalement ramené à l'Abbaye de L'Epau, dans la salle capitulaire. On le plaça au-dessus du mystérieux tombeau trouvé par Pierre Terouanne. Ce squelette indique que la femme morte ici devait avoir une soixantaine d'années, soit l'âge de la reine au moment de sa mort. Reste à savoir ce qui se trouve vraiment dans la boite attachée au gisant de la reine.
Lieu institutionnel et culturel, l'Abbaye accueille notamment le fameux Festival de l'Épau organisé sous l'égide du Conseil général; Il se déroule tous les ans au mois de mai. Il s'agit de l'un des festivals "classique" les plus attractifs de la région, avec la folle journée de Nantes.
Les réunions de l’Assemblée départementale du Conseil Général de la Sarthe se tiennent dans cette Abbaye