Elles dépendent du type de cardiopathie, certaines de ces dernières pouvant faire partie d'une maladie congénitale associant différentes anomalies de divers organes.
Les cardiopathies congénitales complexes sont cependant fréquemment associées à un retard de développement psycho-moteur. Ces derniers ont été attribués, dans un premier temps, aux conséquences du bas débit cérébral imposé par la chirurgie correctrice mais plusieurs arguments sont en faveur d'une origine plus précoce. Ainsi, près de la moitié de ces enfants ont des anomalies neurologiques avant toute cure chirurgicale. De même, l'IRM des nouveau-nés et jeunes enfants, porteurs de cardiopathies congénitales complexes semblent montrer un taux élevé d'anomalies ressemblant à ceux retrouvées chez les grands prématurés faisant suggérer un défaut de maturation cérébrale pouvant être due à une souffrance intra utérine secondaire aux problèmes cardiaques.