Bien que l'excision ne l'ait jamais été, la castration a été proposée et parfois appliquée aux personnes jugées coupables d'un crime sexuel, et plus spécialement à ceux condamnés pour pédophilie. Dans ce cas, il peut s'agir soit de castration chirurgicale, soit de « castration chimique » : on ne pratique pas d'ablation chirurgicale mais le patient est soumis à un traitement anaphrodisiaque qui inhibe ses pulsions sexuelles.
La castration chimique est très peu appliquée, sauf en Allemagne sur la base du volontariat . Dans l'Union européenne, la République tchèque est le seul Etat à avoir appliqué des procédures de castration chirurgicale, l'ayant autorisé, lors de la dernière décennie, pour au moins 94 personnes qui avaient consenti à l'opération. Le Comité européen pour la prévention de la torture a qualifié cette procédure en février 2009, d'« invasive, irréversible et mutilante » .
Cette pratique est fortement critiquée comme dégradante et inhumaine .
En France
En France, la castration est strictement interdite par la loi. Cependant, il existe un dispositif de castration chimique, soumis à la condition du volontariat par les détenus.
Celui-ci consiste en un traitement censé inhiber les pulsions : la ministre de la Justice Michèle Alliot-Marie du deuxième gouvernement Fillon, souhaiterait que ce traitement, dans le projet de loi sur la recidive (prévu d'être examiné en octobre 2009), puisse être prononcé même après la détention, dans les cas ou une remise de peine ou obligation de suivi ont été prononcées, imposant ainsi aux criminels sexuels le choix de cette "castration chimique" ou la prison. Le 22 octobre 2009, la ministre Michèle Alliot-Marie, Garde des Sceaux souhaite ouvrir un débat au parlement sur la castration physique pour les délinquants sexuels.
États-Unis
Le gouverneur de Louisiane, Bobby Jindal, a signé en 2008 une loi ordonnant aux tribunaux d'imposer la castration chimique en cas de récidive de certains crimes sexuels . Outre la Louisiane, ce procédé est imposé ou autorisé au Texas, en Floride et en Californie .