La voûte, la coupole et l'abside, originellement juste blanchies selon un désir de saint Filippo Neri, furent ensuite ornées de fresques par Pietro da Cortona entre 1647 et 1666.
Sur la voûte la fresque présente "la Madone et saint Philippe Néri" et renvoie à l'épisode de la vision de 1576 pendant la construction de l'église : la Madone apparaît en train de soutenir une poutre qui menace de s'écrouler au-dessus de la chapelle où l'on gardait le Saint-Sacrement et la "Madonna Vallicelliana" pendant les travaux.
Dans l'abside est représentée la "Vierge assomptée parmi les anges et les saints" ; sur la coupole le "Triomphe de la Trinité" ("Dieu le Père et le Christ" sur la coupole et l'"Esprit Saint" dans la lanterne). Sur les côtés de la coupole les prophètes bibliques Jérémie, Ézéchiel, Isaïe et Daniel.
La nef centrale est flanquée de deux nefs latérales, elles mêmes agrémentées chacune de cinq chapelles.
Sur les côtés de la nef centrale, au-dessus des arcs qui permettent la jonction avec les nefs latérales, ainsi que sur la paroi intérieur de la façade, se trouvent quinze toiles ovales dans des cadres dorés, réalisées entre 1697 et 1700, qui représentent l'"Histoire du salut du genre humain" à travers divers épisodes de l'Ancien et du Nouveau Testament.
À partir du fond :
Paroi de gauche | Paroi de droite | (auteur) |
La création des anges | La chute des anges rebelles | (Lazzaro Baldi) |
La résurrection des morts | Adam et Ève devant Dieu après le péché originel | (Giuseppe Ghezzi) |
La communion des apôtres | La manne au désert | (Daniele Seiter) |
Madeleine pénitente | Rébecca et Eléazar au puits | (Giuseppe Ghezzi) |
Le Christ confie les clés à saint Pierre | Moïse brise les tables de la Loi | (Giuseppe Passeri) |
L'Immaculée Conception | Judith et Holopherne | (Daniele Seiter) |
Le Christ chasse les vendeurs du Temple | Les élus d'Israël avec l'Arche d'Alliance | (Domenico Parodi) |
Paroi intérieure de la façade : Prédication de saint Jean Baptiste | (Daniele Seiter) |
Sur la paroi intérieure de la façade, les stucs de Ercole Ferrata représentent les allégories du "Mépris du monde" et du "Silence". Les anges et les angelots de la nef latérale, achevés en 1698, sont de Giacomo Lavaggi, Bernardino Cametti, Pietro Balestra, Giuseppe Raffaelli et Michele Maglia.
Les chapelles donnaient initialement sur la grand nef, seule à l'origine ; quand on rajouta les deux nefs latérales, les chapelles furent toutes reconstruites, entre 1594 et 1606.
Première chapelle de la nef de gauche. Confiée en parrainage à Fabrizio et Cesare Mezzabarba, de Pavie, elle avait été destinée à l'exposition de l'image miraculeuse de la "Madonna Vallicelliana". Lors des travaux de reconstruction, le parrainage passa au cardinal Agostino Cusani et en 1854 aux comtes Polidori.
La décoration en stuc datant d'après la reconstruction est due à Stefano Longo, les cadres des fresques dans la voûte ont été achevés en 1620 par le Cavalier d'Arpin ("Saint Ambroise", "Saint Augustin" et "Sainte Monique"). Les fresques, abîmées, ont subi une restauration en 1885.
La décoration de l'autel est une toile de 1627, également du Cavalier d'Arpino : la "Purification de la Vierge".
Deuxième chapelle de la nef de gauche. Confiée en parrainage en 1578 à Porzio Ceva, notaire de la Camera Apostolica.
La décoration de l'autel, œuvre de Cesare Nebbia en 1578, représente l'"Adoration des Mages".
Après la reconstruction, la nouvelle décoration de la chapelle, marbre polychrome et stuc sur la voûte, fut encore confiée à Stefano Longo et fut achevée en 1619, reprenant les motifs de la chapelle de la Purification. Les fresques de la voûte, en mauvais état, furent probablement achevées en 1625 par Baccio Ciarpi.
Troisième chapelle de la nef de gauche. Confiée en parrainage à Silvio Antoniano, futur cardinal, en 1580.
Le tableau sur l'autel, de Durante Alberti, représente l'"Adoration des bergers" (datant d'avant 1590). Après la reconstruction, la chapelle fut décorée de stucs (Giovanni Guerra) et de fresques (Niccolò Pomarancio), perdues.
Quatrième chapelle de la nef de gauche. Confiée en parrainage à Francesco Pizzamiglio, vénitien, en 1582. Au milieu du XVIIIe siècle elle revint à Filippo Sicurani.
La décoration de l'autel, de Federico Barocci, date de 1586. Elle représente la "Visitation" et elle était particulièrement appréciée par Philippe Néri.
Après la reconstruction, qui ne s'acheva qu'en 1611, la décoration en stuc fut réalisée jusqu'en 1617 et l'année suivante, furent commandés les fresques de Carlo Saraceni (Saint Matthieu, Saint Jean l'Évangéliste et Saint Jean Baptiste, cette dernière étant disparue).
Cinquième chapelle de la nef de gauche. Confiée au parrainage de la famille Ruspoli, banquiers florentins, en 1589.
En 1591 la décoration originale des fresques fut terminée, par Andrea Lilio, dont subsiste celle de l'arc ("Annonce de la naissance de la Vierge à Joachim et Anne", "Rebecca au puits", "Rachel cache les idoles", l'"Immaculée Conception", "Grappe de la terre promise", "Épouse du Cantique des Cantiques" et "L'épouse entre dans la salle du banquet"). La décoration de l'autel, terminée la même année, et représentant l'"Annonciation", est une œuvre de Domenico Cresti (dit le "Passignano").
Au vu du mauvais état des fresques, elles furent remplacées par des décorations de marbres polychromes et de stuc, selon une commande de 1662).
Première chapelle de la nef de droite.
Confiée au parrainage de Camillo Caetani, patriarche d'Alexandrie puis de Paolo Paganino, de Modène, puis de la famille Rossi et enfin, en 1746, au marquis Giacomo Vettori.
La décoration de l'autel, par Scipione Pulzone, représente le "Crucifix" : elle fut achevée peu avant 1586.
Sous le parrainage de Paganino et après la reconstruction, la décoration fut refaite en 1621, avec du stuc dans l'arc (décorations exécutées par Stefano Longo : allégories de la Justice et de la Force) et dans la voûte, où l'on voit des fresques à l'huile de Giovanni Lanfranco ("Couronnement d'épines", "Flagellation" et "Prière au jardin").
Deuxième chapelle de la nef de droite. Confiée au parrainage de Pietro Vittrici, "garde-robe" du pape, puis à Ermete Cavalletti.
Après la reconstruction, elle fut décorée de marbre polychrome et de stuc (1612) ainsi qu'avec des fresques d'Angelo Caroselli ("Suaire" dans l'arc et "Pietà entre David et Isaïe" dans la voûte).
Sur l'autel avait été placée la "Mise au tombeau du Christ" du Caravage (1602), qui fut volée par les Français en 1797 et remplacée par une copie de Michele Koeck ; après la restitution de l'original, elle a été conservée dans la Pinacothèque des Musées du Vatican.
Troisième chapelle de la nef de droite.
Confiée au parrainage de Tiberio Ceuli, banquier romain, en 1581. En 1868 le parrainage revint à la famille De Villanova Castellacci.
La décoration de l'autel représentant l'"Ascension" est due à Girolamo Muziano, avant 1587.
Après la reconstruction elle fut décorée de marbres polychromes et de stuc, et consacrée en 1607. Les fresques furent exécutées par Benedetto Piccioli après 1624 ("San Coprete", "Saint Alexandre" et "San Patermuzio").
Quatrième chapelle de la nef droite. Confiée en 1579 à Vincenzo Lavaiana, banquier de Pise, qui la céda, au moment de la restructuration, à Diego del Campo, flamand, camérier secret du pape. En 1728 le parrainage passa au comte Pierre Giraud.
La décoration de la voûte ("Les sept chandeliers", "Le baptême du Christ" et "Moïse avec les tables de la Loi"), achevée en 1602, est due à Egidio della Riviera.
La décoration d'origine était une "Descente de l'Esprit Saint" du peintre flamand Wensel Cobergher (1607), mais elle fut remplacée en 1689 par l'actuelle, une toile de Giovanni Maria Morandi sur le même sujet.
Cinquième chapelle de la nef droite.
Confiée au financement du banquier génois Giovanni Agostino Pinelli, trésorier du pape.
Il s'agit encore pour le principal, de la décoration originelle en stuc, qui date de 1587, selon un projet de Giacomo della Porta.
On y trouve aussi des fresques de Aurelio Lomi :
La décoration originelle de l'autel, avec l'Assomption et les apôtres de Giuseppe Ghezzi, fut remplacée au milieu du XVIIe siècle par une toile sur le même sujet de Giovanni Domenico Cerrini.