En élevage, les fourmis peuvent souffrir d’acariens parasites pouvant nuire au développement de la colonie voire, à long terme, mener à la mort de la colonie tout entière. Plus simplement, dans la fourmilière mais dans le tube à essai surtout, il apparaît très souvent des moisissures. Celles-ci sont normalement inoffensives pour les fourmis, mais elles gênent l'observation. Acidifier le milieu semble être la solution la plus efficace face à ces problèmes. Pour ce faire on introduit dans le système d'humidification quelques gouttes de solution acide, comme du jus de citron ou du vinaigre. Attention, le vinaigre peut être dangereux pour les fourmis, il est préférable de ne pas l'utiliser si la réserve d'eau est en contact avec elles. Le jus de citron est inoffensif, mais moins efficace.
Il en existe différents types de vivariums destinés à l’élevage et à l’étude d’une colonie de fourmis.
Le choix de la fourmilière est important. Si on choisit d’élever une espèce qui ne vit pas dans la terre ou qui construit difficilement, le mieux est de mettre les fourmis dans un nid en dur. Il est plus facile d’emploi pour l’humidification et la propreté, mais les fourmis ne pourront pas construire leurs salles. En revanche, dans le cas où on souhaite les laisser creuser à leur guise, il faut utiliser un nid avec un matériau friable, comme de la « mousse oasis » ou du sable stérile. Dans tous les cas, il est obligatoire d’avoir une aire de chasse non friable reliée à la partie habitable (incluse dans la fourmilière achetée), pour mettre la nourriture et pour que les fourmis déposent leurs déchets.
La construction d’une fourmilière est assez simple et très peu coûteuse si on a à sa portée quelques matériaux : du béton cellulaire pour creuser ses galeries avec un tournevis par exemple, une plaque de verre pour recouvrir le bloc de béton (on pourra siliconer les bords afin d’éviter que toute fourmi se faufile). Il ne faut surtout pas faire trop grand : les fourmis ne pourraient pas l’entretenir et elles préfèrent la promiscuité. De plus, une jeune colonie a du mal à gérer un nid trop grand et se sert de certaines salles comme dépotoir au lieu de jeter tout déchet dans l’aire de chasse (ce qui facilite tout de même le nettoyage). Pour une jeune fourmilière d’une espèce de taille moyenne, 15 cm sur 20 cm pour la partie habitable et 10 cm sur 20 cm pour l’aire de chasse sont parfaits. Surtout que l’on peut, par la suite, ajouter une partie habitable, reliée à la fourmilière initiale par un tube ou un pont.
Les formicariums constitués de gelée nourrissante ne sont pas dédiés à l'élevage d'une colonie de fourmis complète car ils ne sont pas prévus pour la reine ni pour le développement du couvain. Ils s'adressent uniquement à l'observation temporaire d'ouvrières ramassées dans la nature.