L'Escadron Rogue a pris naissance après la Bataille de Yavin et la destruction de l'Étoile Noire. Le commandant Narra ayant perdu la vie, Luke Skywalker pris l'escadron Rouge en main et le renomma Rogue.
En trois ans, l'escadron d'X-wing mena à bien des missions de la plus haute importance, comme la Bataille de Ralltiir, ou l'extraction d'impériaux comme Tycho Celchu ou Kasan Moor (qui joueront un rôle très important au sein de l'escadron), et fut très vite reconnu comme l'unité d'élite de l'Alliance rebelle. Ils agissaient rapidement et arrivaient sur place rapidement.
Mais l'escadron eut son bond de renommée après la Bataille de Hoth, comptant dans ses pilotes Wes Janson, Zev Senesca et Derek "Hobbie" Klivian, où elle permit aux transports rebelles de fuir la planète en retenant des TB-TT impériaux avec des snowspeeders. Après la bataille, le commandant Skywalker démissionna de son poste et la tête de l'escadron fut remise entre les mains de Wedge Antilles. Ensuite, les Rogues furent à la tête d'opérations de sauvetage et d'assaut de toutes sortes, comme l'assaut des chantiers de Fondor avec pour mission de détruire le Super Destroyer Stellaire de Dark Vador, l'Exécuteur. Cette opération a néanmoins échoué. Ils aidèrent également les Bothans à la récupération des plans de la deuxième Étoile Noire, et tirèrent Skywalker, Leia Organa et Dash Rendar d'un mauvais pas lorsqu'ils étaient pourchassés par des Vipers qui appartenaient au Prince Xizor, le chef d'une organisation de marché noir nommé le Soleil noir. Puis vint la bataille de la lune forestière d'Endor, où l'escadron Rogue reprit temporairement le nom Rouge, sous le commandement de l'Amiral Ackbar à bord du Home One.
L'escadron Rogue comporte aussi le seul pilote de la galaxie à avoir participé au combat des deux Étoiles Noires et à en être revenu vivant; Wedge Antilles. Après la chute de l'Empereur, l'escadron porta aide aux impériaux sur Bakura contre une race extra-galactique du nom de Si-Ruuk. Après les avoir vaincu, la paix temporaire entre les rebelles et les impériaux fut rompue lorsque ces derniers tentèrent de les abattre. L'escadron les repoussa avec aisance.
Les manifestations sur Coruscant, qui duraient depuis la chute de l'Empereur, donnaient une chance à l'Alliance de capturer le centre Impérial. Les Rogues furent envoyés pour capturer Borleias qui offrirait une porte ouverte facile d'accès à Coruscant. Quelques semaines après la chute de Borleias, Coruscant était aux mains des rebelles. L'Alliance Rebelle fut officiellement déclarée Nouvelle République, et sous l'avis de l'Amiral Ackbar et de la conseillère Mon Mothma, l'escadron Rogue devint le symbole de la République, et la meilleure escadrille de la flotte. Dans ses nouveaux membres, l'unité comprenait entre autres Corran Horn, Ooryl Qrygg, Tycho Celchu, Inyri Forge, Gavin Darklighter et toujours Antilles à leur tête. Succéda ensuite l'arrivée d'une nouvelle tête des vestiges impériaux, Ysanne Isard - aussi connue sous le nom de "cœur de glace" -.
Ensuite vint la libération de Typherra, et l'escadron alla même jusqu'à démissionner pour pouvoir poursuivre Isard lors de sa fuite de Coruscant à bord du Lusankya. De nouveau en service, l'escadron accueillit de nouveau deux anciens membres, Wes Janson et Derek "Hobbie" Klivian, qui tout deux étaient momentanément devenus instructeurs. Lors de la campagne contre le Seigneur de la Guerre Zsinj, Wedge Antilles quitta l'escadron pour en former un second, l'escadron Spectre, et le commandement des Rogues fut remis à Tycho Celchu, mais Antilles revint après la défaite de Zsinj. Durant cette campagne, l'escadron était commandé par le Général Solo.
Les Rogues participèrent aussi à la guerre lancée par le Grand Amiral Thrawn sur Katana et Bilbringi, au sauvetage des prisonniers du Lusankya, qui comptait entre autres Jan Dodonna (il dirigeait les forces Rebelles lors de la bataille de Yavin) et également contre la flotte de l'Empereur Palpatine ressuscité. Après que le traité de paix entre la Nouvelle République et les Vestiges de l'Empire fut signé, le commandant Antilles prit sa retraite, le commandement de nouveau remis entre les mains de Celchu, qui prit aussi sa retraite quelques années plus tard. Ce fut Gavin Darklighter, le jeune cousin de Biggs Darklighter, mort lors du combat contre la première Étoile Noire, qui assuma le rôle de leader d'escadron. Les années passèrent et puis vient la Grande Guerre Extragalactique. Une race venant d'une autre galaxie, les Yuuzhan Vong, des êtres se servant uniquement de technologie biologique inconnus de la Force (Un Jedi ne peut les percevoir). Ils sont invisibles dans Force et cela dit, immunisés aux pouvoirs des Jedi.) menacèrent de conquérir la galaxie.
Encore une fois l'escadron participa grandement à la défense de l'Alliance Galactique, comptant Jaina Solo, fille de Han Solo, dans ses pilotes. Les rogues participèrent à plusieurs des batailles, notamment la bataille d'Ithor, la défense de Coruscant, la reprise de Borleias, ainsi qu'à la bataille d'Ebaq 9, où l'escadron fut capable d'infliger la plus grosse défaite connue de l'armada Vong. Le commandement fut entre-temps remis à Corran Horn, maintenant devenu Jedi, et Wedge ainsi que Tycho aidèrent les Rogues en tant qu'instructeurs et organisateurs.