Peu d'études ont été menées sur la flore des Comores. La référence la plus complète est celle de Voeltskow, publiée en 1917, dans laquelle 935 plantes vasculaires sont citées dont :
Cependant d'autres études pour Mayotte qui compte 404 plantes vasculaires indigènes recensées, laissent penser qu'en référence aux anciennes documentations, l'île pourrait recenser au minimum 225 espèces en plus.
Une liste non exhaustive de 350 plantes introduites à Mayotte (cultivées et spontanées) a par ailleurs été dressée tandis qu'en Grande Comore, le nombre de biotopes est plus élevé et l'on estime que leur nombre pourrait se rapprocher de 1500. Le taux de dynamisme de la flore n’est pas estimé.
Avant l'établissement des premiers habitants, on estime que les forêts couvraient certainement toutes les Comores ; aujourd'hui elles n'occupent guère qu'un sixième de leur surface. Les végétations côtières et de basse altitude ont été presque totalement détruites sous l’action humaine. Les forêts d’altitude semblent mieux conservées mais il existe peu d’estimations fiables des superficies par île. On estime que la superficie forestière intacte d’altitude à Mohéli a diminué de 26% en 13 ans entre 1983 et 1996, du fait des cultures. À Anjouan, seules les pentes trop fortes pour l’installation de cultures résistent.
L'augmentation de la densité de population est la menace principale sur la faune et la flore. Diverses études s’accordent à dire que les forêts primaires auront disparu des Comores d’ici 15 ans au rythme actuel de déforestation. La seconde menace est l’envahissement par des espèces exotiques.
« Ces arbres, avec beaucoup d'autres que je n'ai pu déterminer, n'ont pas été introduits par l'homme et forment, en quelques endroits, des futaies très belles. Les énormes troncs blanchâtres des baobabs, les colonnes et les feuilles élégantes des aréquiers, les troncs et les racines bizarres des ficus, les lianes innombrables, parmi lesquelles la liane à caoutchouc, sous bois, les ananas, les caféiers, les piments, les bêtels, les ignames, les vacoas, les aloès, les énormes fougères, donnent un caractère particulier et très pittoresque aux paysages de ces forêts. Entre les forêts uniquement composées d'arbres indigènes et les cultures, s'étendent les pâturages et les terres à riz où sont disséminés des mourandas, des baobabs, des cocotiers, des manguiers, des raphias, des jujubiers, des ricins, des pignons d'Inde, des indigotiers, etc. Les clairières et les crêtes dénudées sont couvertes de fougères, de graminées dont une espèce, la spartine arondinacée atteint jusqu'à huit ou dix pieds de hauteur, et de quelques légumineuses ; une de ces dernières porte une gousse, connue sous le nom de pois à gratter, couverte d'un velours jaune, qui remplace avantageusement l'ortie auprès des jambes des passants. Sur la côte, les endroits marécageux sont garnis de palétuviers jusqu'à la limite de la haute mer ; il y en a deux espèces ; une petite qui n'atteint que deux à trois mètres de hauteur et dont l'écorce est excellente pour les teintures rouges ; ses branches immergées sont souvent couvertes de petites huîtres très délicates ; l'autre espèce, beaucoup plus grande, fournit de bonnes courbes pour les embarcations, charpentes, etc. C'est sur la grande espèce qu'on trouve l'orseille. A la limite de la haute mer croissent quelques arbustes épineux, des veloutiers, des plantes rampantes, etc. »
— A. GEVRAY procureur impérial de Pondichéry, 1870