Au Brésil, dès 1641, le voyageur jésuite espagnol Cristobal de Acuna (1597-1675) avait signalé des cacaoyers sylvestres en Amazonie brésilienne, près du port fluvial de Selern do Para, fondé en 1616. Mais ce n'est que vers 1680 que la monarchie portugaise tenta d'encourager la production, avec des résultats très médiocres pendant plus d'un siècle.
De 300 tonnes, la production de fèves atteignit péniblement 1 300 tonnes en 1745. Les planteurs brésiliens ne cessaient de se plaindre de la concurrence déloyale du cacao des missions jésuites, dont une grande partie provenait de la cueillette effectuée en forêt. Les colons obtinrent finalement gain de cause : en 1757, le Portugal sécularisa l'administration des missions brésiliennes, dans l'espoir que la production de cacao puisse prendre. Des franciscains prirent la place des jésuites.
Dès 1755, pour développer l'Amazonie, le marquis de Pombal créa un monopole commercial au profit de la Companhia Geral do Grao Para e Maranhao. Cependant, la production se maintint autour d'une moyenne annuelle d'un millier de tonnes.
Le commerce du cacao brésilien se libéralisant en 1778, l'Amazonie connut un essor très modeste, malgré l'arrivée d'esclaves africains: 2,000 tonnes de cacao « Maragnan » forastero exportées en 1800, toujours concentrée dans la région amazonienne. Il faudra attendre 1870 pour atteindre 4,000 tonnes. Puis, dans le dernier quart du xixe siècle, le succès de l'hévea condamna les cacaoyères amazoniennes à l'abandon.
Au Sud-Est de l'isthme du Panama, près de l'archipel des îles San Blas, les « Indiens des Sambres », appelés aussi Kunas exploitaient du cacao de longue date, en échange d'armes procurés par les boucaniers français qui se rendent au Rendez-vous de l'île d'Or. La production de la colonie française du Darién, sans existence officielle ni légale, est exportée en contrebande, en Angleterre. Elle était d'autant plus importante que répartie sur 73 exploitations, avec plus de 100 000 pieds de cacao, selon la demande d'indemnisation déposée après que les indiens ont expulsé les Français en 1760, pour commercialiser le cacao avec des colons anglais, installés clandestinement aussi dans cette zone.
Le nom de Theobroma était donné par les Mayas à leur cacao, qui était du cacao criollo, la variété la plus fragile mais la plus agréable au goût. Ce nom est repris par les Espagnols, qui considèrent que le Theobroma est le cacao du Darién, au Panama, alors réputé le meilleur. En 1753, le naturaliste suédois Carl von Linné (1707-1778), véritable autorité scientifique chez les biologistes et agronomes de l'époque, donne ce nom à l'ensemble des cacaoyers, les différentes productions cultivées alors étant toutes fragiles. C'est l'époque où 73 exploitations et plus de 100.000 pieds de cacao sont décomptées au Darién par les français, que leurs associés amérindiens, les Kunas expulsent en 1760 lorsque ils craignent que les français n'importent des esclaves noirs. Les Kunas poursuivent la production cacaoyère sans les français, vendant la marchandise à des négociants anglais de la Jamaïque ou de Londres.
Les chocolatiers anglais, dont Joseph Storrs Fry commencent à importer massivement du cacao ce qui engendre une politique fiscale très protectionniste dès 1784, Londres ne comprenant pas pourquoi la Jamaïque et les Antilles anglaises ne produisent pas de cacao.
Le chocolatier Jules Pares a fondé en 1814, près de Perpignan, dans les Pyrénées-Orientales la première fabrique de France de chocolat, mais la "Compagnie des chocolats et thés Pelletier et Cie" en 1770 et les Chocolats Lombart en 1760, prétendent l'avoir précédé En 1815 à Amsterdam, Coenraad Johannes van Houten, créé l'entreprise qui porte son nom et invente en 1828 une poudre facile à délayer dans de l'eau ou du lait. Dans la seconde moitié du XIXe siècle, l'entreprise ouvre des usines en France, en Allemagne, en Grande-Bretagne, aux États-Unis et à Singapour. En 1819, François-Louis Cailler crée la première fabrique suisse, suivi en 1825 par Philippe Suchard puis, cinq ans plus tard, par Charles-Amédée Kohler, qui a l'idée d'ajouter des noisettes. En Angleterre, Cadbury naît en 1824, fondée à Birmingham par John Cadbury, un autre Quaker. En 1840, les premières tablettes pressées, pastilles et figurines de chocolat sont produites en Belgique par la société Berwaerts. L'italien Ghirardelli fera lui fortune lors de la ruée vers l'or de 1848.
Vers 1850, raconte Nikita Harwich dans son Histoire du chocolat, les fabricants extrayaient le beurre de cacao vendu « trois ou quatre fois plus cher que le cacao lui-même », et le remplaçaient « par des huiles d'olive ou d'amandes douces, des jaunes d'œuf, du suif de veau ou de mouton ». Le scandale sera tel qu'il accouchera d'une loi établissant des normes à respecter dans les produits alimentaires.
Porté ces innovations, le dynamisme de l'offre permet une diminution progressive du prix du chocolat, qui se démocratise en seulement trente ans. Mais la consommation se répand de façon inégale. Les statistiques de consommation du début du XXème siècle montrent que la Hollande importe plus que la France et l'Allemagne deux fois plus que la France. Les exportations mondiales progressent lentement, avec toujours seulement 14 000 tonnes en 1835.