La création de la ligne D interconnectée en 1995, malgré ses premiers déboires, a permis un meilleur accès au cœur de Paris et à la Gare du Nord pour les habitants de la banlieue sud-est, et un accès facilité à la gare de Lyon en particulier pour les personnes de la banlieue nord. Son bilan est par conséquent plutôt positif. A contrario la société elle-même est influencée fortement par le fonctionnement du RER, en particulier de sa ligne D qui relie des zones particulièrement pauvres du nord-est à celles du sud-est de l'agglomération. Les « incivilités » et dégradations diverses sont fréquentes ainsi que les agressions de voyageurs ou d'agents, entraînant de nombreux retards, un profond sentiment d'insécurité à certaines heures et parfois des débrayages des agents de la ligne en réaction à une agression physique. Tout cela contribue à voir souvent évoqué le terme de « RER poubelle ».
L'utilisation d'un tunnel commun avec la ligne B entre Châtelet - Les Halles et Gare du Nord provoque d'épineux problèmes d'exploitation aux heures de pointe qui amoindrissent l'intérêt de la ligne, par les retards entraînés et la forte irrégularité, la plus élevée du réseau francilien. Cette irrégularité chronique amène la SNCF à réduire du nombre de trains en circulation - pourtant déjà souvent saturés - afin de fluidifier le trafic, ce qui n'a qu'un impact négatif sur la desserte et l'attractivité de la ligne, déjà faibles, selon les associations d'usagers. De plus, cette réduction de l'interconnexion marque également un recul unique en trente ans sur le concept originel du RER ; la réduction du nombre de trains, malgré une hausse constante du trafic, étant la seule réponse apportée par l'exploitant et l'autorité organisatrice faute de volonté de mise en œuvre rapide des investissements nécessaires. En effet, seule la construction d'un tunnel dédié à la ligne entre Châtelet - Les Halles et Gare du Nord, évitée aux débuts de la ligne par économie et expliquant pour une large part son irrégularité chronique, pourrait apporter une réelle amélioration aux conditions d'exploitation.