À la manière des tapis de lentilles d'eau, la jussie concurrence la flore aquatique immergée en empêchant la pénétration de la lumière vers le fond et en occupant toute la niche écologique offerte par les nombreux habitats qui lui conviennent ;
En empêchant les UV solaires de pénétrer l'eau, cette jussie inhibe aussi les vertus désinfectrices du rayonnement solaire dans l'eau ;
Elle peut contribuer aux phénomènes de dystrophisation voire de zone morte : sa nécromasse produit en se décomposant dans une zone peu oxygénée une anoxie (déficit en oxygène) limitant ou interdisant dans cette zone la survie de la plupart des espèces animales. Les taux d'oxygène dissous stagnent souvent sous les 2 mg/l dans les herbiers du Marais d’Orx.
Cette jussie peut aussi entraver le bon fonctionnement de systèmes d'irrigation, de drainage et d'arrosage ;
Les herbier qu'elle constitue gênent certains loisirs (pêche, natation, sports nautiques, chasse au gibier d'eau)
Les espèces invasives sont souvent considérées comme la seconde cause de régression de la biodiversité. La jussie des marais, hors de son habitat naturel contribue à ce phénomène.