Maurice-Marie Janot fut également :
La première étude de Maurice-Marie Janot, sujet de sa thèse de doctorat en sciences naturelles, a porté sur la chimie du sclaréol, principe cristallisé isolé de l'essence de sauge dont il a démontré en 1931, dans le laboratoire de L. Ruzicka à l'École polytechnique de Zurich, la nature diterpénique.
Par la suite, il a consacré l’essentiel de ses recherches à la chimie des substances naturelles d’origine végétale, plus particulièrement des alcaloïdes dont il a isolé, analysé, synthétisé et étudié plus d’une centaine. Pour en établir la structure, il a été l’un des premiers à utiliser la résonance magnétique nucléaire, la spectrométrie de masse et le dichroïsme circulaire.
En 1953, il a établi la structure de la corynanthéine, étape majeure dans le progrès de la chimie des alcaloïdes.
Tous d’un grand intérêt théorique, certains des résultats obtenus par Maurice-Marie Janot ont également présenté un intérêt pratique, ceux par exemple qui ont porté sur des types structuraux nouveaux, des mécanismes stéréochimiques et réactionnels, des voies d'accès simplifiées aux hormones stéroïdes.
De 1939 à 1940, Maurice-Marie Janot à contribué aux recherche en chimie biologique de M. Y. Raoul sur le dosage de la vitamine A et du carotène dans le sang. Il a également travaillé sur les antibiotiques, et ce dès 1943. D’autre part, il a poursuivi des recherches en hydrologie, sur les eaux vosgiennes radioactives, et en physiologie, sur la chimie de la croissance des plantes. Enfin, en 1972, il a abordé l'étude des lipides de l'ovocyte du cœlacanthe.
Dans le domaine de la chimie des substances végétales, Maurice-Marie Janot est à l’origine, avec Robert Goutarel, d'une école très active. Parmi les élèves formés à son enseignement, près de quarante sont devenus, en France, professeurs, maîtres de conférences, directeurs ou maîtres de recherche au CNRS. Et à l'étranger, douze ont accédé au professorat.
L'œuvre de Maurice-Marie Janot se prolonge aujourd’hui dans les études de chimie et de pharmacologie des substances naturelles que poursuivent, en France comme à l'étranger, l'Institut de chimie des substances naturelles et plusieurs autres centres de recherche.