Le siège du ministère de l'Éducation nationale est situé au no110 rue de Grenelle dans le 7e arrondissement à Paris, dans l'Hôtel de Rochechouart, de 1776. C'est pourquoi il est souvent appelé Grenelle ou rue de Grenelle dans les médias. Toutefois, les accords de Grenelle font référence, non à ce ministère, mais à celui du Travail, situé dans la même rue. C'est en ces lieux que sont installés le cabinet du Ministre, ainsi que plusieurs des directions et services de l'administration centrale.
Toutefois, d'autres services ont dû, par manque de place, être installés dans d'autres immeubles, rue des Saints-Pères, rue du Bac ou, plus loin, au 34, rue de Châteaudun (IXe arrondissement) pour la Direction générale des ressources humaines.
Le Ministère est organisé en plusieurs niveaux.
C'est le cœur politique du ministère, là où s'élaborent les grandes lignes directrices de l'action ministérielle en accord avec les priorités et directives du Premier ministre. Le cabinet prépare les dossiers des ministres, ce qui peut entraîner des conflits avec l'administration centrale.
Les ministres disposent d'un directeur de cabinet, qui mène la vie administrative du cabinet et s'assure de son bon fonctionnement, et est chargé des relations entre celui-ci et les différentes administrations du ministère. Le chef de cabinet est, lui, le plus étroit collaborateur politique du ministre, chargé notamment d'épauler ce dernier dans ses choix politiques et d'entretenir le dialogue avec le Secrétariat général du gouvernement à Matignon, les autres ministères et les médias.
Le Cabinet est également composé de divers conseillers et conseillers techniques choisis par les ministres, afin de leur apporter les éléments nécessaires à leurs prises de décisions dans les différents domaines relevant de ses compétences.
Contrairement au cabinet, composé de membres choisis par le ministre, l'administration centrale est composée uniquement de fonctionnaires titulaires (ou stagiaires) ou de contractuels, afin de procurer une certaine stabilité à l'ensemble, et de garantir une continuité dans la gestion ainsi qu'une solide expérience des dossiers au sein de l'administration. Car l'administration centrale désigne l'ensemble des services et agents publics - regroupés en bureaux et directions - chargés de faire fonctionner le service public éducatif (finances, administration...) et d'appliquer les décisions réglementaires ou législatives en matière éducative.
L'organisation actuelle du ministère a été établie par le décret no 2006-572 du 17 mai 2006 et l'arrêté du même jour.
Le ministère de l'Éducation nationale comprend en propre la Direction générale de l'enseignement scolaire. La direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche est mise à sa disposition et plusieurs services, dont le secrétariat général, sont conjoints à ces deux ministères.
La direction générale de l'enseignement scolaire et le secrétariat général sont divisés en services et en directions. Le secrétariat général, la direction générale de l'enseignement scolaire, les services et les directions sont dirigés chacun par un directeur nommé par décret. Les directions, sous-directions et services sont composés de différents bureaux chargés de missions spécifiques.
La Direction générale de l'enseignement scolaire (DGESCO) élabore et met en œuvre la politique relative aux écoles, aux collèges, aux lycées et aux lycées professionnels. Elle attribue aux autorités académiques les dotations en personnel et en crédits destinés aux établissements scolaires et élabore la réglementation relative au fonctionnement de ces derniers. Elle assure la tutelle pédagogique des établissements français à l'étranger et des établissements privés sous contrat de l'enseignement scolaire. En matière pédagogique, elle développe l'utilisation des nouvelles technologies. Elle est compétente en matière d'insertion et de formation professionnelle initiale et continue dans les établissements du second degré. Elle définit la politique des zones d'éducation prioritaire, de vie scolaire, et d'action sanitaire et sociale. Elle conduit les actions en matière d'intégration des élèves et d'éducation spécialisée. Elle définit les orientations générales de la politique de formation continue des enseignants du premier et du second degré et contribue à la définition des orientations de leur formation initiale et à leur mise en œuvre, en liaison avec la direction de l'enseignement supérieur.
Elle comprend :
Le secrétariat général regroupe différents services à caractère transversal :
Outre le secrétariat général, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et le médiateur de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur sont communs au ministère de l'Éducation nationale et à celui de l'Enseignement supérieur et de la Recherche.
Pour exercer ses attributions, le ministre de l'Éducation nationale dispose également de la Direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle (DGESIP).
Cette faculté du ministre doit notamment lui permettre d'exercer ses compétences en matière de formation des maîtres des enseignements primaire et secondaire, d'orientation des lycéens, d'organisation des classes post-baccalauréat de lycée (CPGE, STS), etc.
Le ministre peut encore faire appel à la délégation aux usages de l'Internet.
Le ministère a autorité en propre sur un service d'inspection et, conjointement avec la ministre de l'Enseignement supérieur et de la recherche, sur une autre inspection générale.
L'Éducation nationale dispose d'une administration déconcentrée lui permettant de gérer au plus près du terrain certaines compétences de gestion quotidienne. Les pouvoirs de ces échelons inférieurs sont de plus en plus larges, l'administration centrale centrant de plus en plus ses missions sur l'orientation de la politique éducative et la définition des grands principes nationaux (programmes, recrutement des enseignants...), l'élaboration des cadres législatif et réglementaire, l'évaluation et la prospection, la coordination de l'action éducative...
On retrouve deux grands échelons, au sein desquels les collectivités territoriales sont associées grâce à des conseils de l'éducation nationale.
Au niveau des académies, le Rectorat, dirigé par le recteur, assure le fonctionnement de l'enseignement supérieur, le recrutement et la gestion des personnels enseignants ainsi que le contrôle pédagogique du second degré. Il est assisté d'un Conseil académique de l'éducation nationale.
Dans chaque département, un Inspecteur d'Académie, directeur des services départementaux de l'Éducation nationale, est chargé de l'enseignement primaire et, en liaison avec les collectivités, de l'organisation matérielle des collèges et lycées. Il dirige l'Inspection académique et est assisté d'un Conseil départemental de l'éducation nationale.
Dans les collectivités d'outre-mer, le ministère est représenté par :
De plus, les établissements jouissent d'une plus grande autonomie que dans le passé.
Le ministère de l'Éducation nationale exerce sa tutelle sur plusieurs établissements publics nationaux.
C'est le cas, dans les régions, des centres régionaux des œuvres universitaires et scolaires et des centres régionaux de documentation pédagogique, qui malgré le mot « régional » sont des établissements publics nationaux.
Les établissements publics suivants, dont l'activité s'étend à tout le pays, classés par ordre alphabétique, relèvent également de la tutelle du ministère de l'Éducation nationale, éventuellement en commun avec celui de l'Enseignement supérieur et de la recherche ou un autre ministère.