Le reproche principal qui a été fait à Mozilla est l'usage des ressources (voir logiciel lourd). Certains composants, comme Mozilla Composer, ne sont pas vraiment utiles à tous les utilisateurs. Les fenêtres de configuration proposent également des options qui ne sont pas utilisées habituellement pas les utilisateurs lambda.
Certains ont fait remarquer que Mozilla prenait plus de temps à démarrer que les autres navigateurs, ce qui vient peut-être du fait de l'utilisation de sa propre mise en œuvre d'interface graphique XUL. Les autres navigateurs basés sur Gecko comme K-Meleon qui utilisent l'interface graphique native de la plate-forme sur laquelle ils sont exécutés démarrent généralement plus rapidement que Mozilla. Les critiques habituelles déplorent également le fait que Mozilla utilise bien plus de mémoire que les autres navigateurs.
Les utilisateurs qui passent de IE à Mozilla rencontrent parfois des problèmes lors de l'affichage de certains sites web qu'ils n'avaient pas auparavant. Ces problèmes sont en fait pour la grande majorité dus au fait que ces sites utilisent du code spécifique à Internet Explorer (ne respectant pas les normes) ou des applet ActiveX.
Mozilla est une suite internet tout-en-un possédant de nombreuses fonctionnalités utilisées sur Internet.
Mozilla permet la navigation par onglet, ce qui permet aux utilisateurs d'ouvrir plusieurs pages web simultanément dans une même fenêtre du navigateur. Cette fonctionnalité a été écrite à l'aide de l'extension populaire MultiZilla pour Mozilla comme une base. Mozilla fait aussi parti des navigateurs à avoir très tôt adopté le blocage personnalisable des fenêtres intruses.
Mozilla a également de nombreuses fonctionnalités aidant les utilisateurs à trouver des informations. Notamment, Mozilla fonctionne avec une recherche progressive qui s'effectue au fur et à mesure que l'utilisateur saisie le mot de sa recherche, le navigateur se place alors directement sur la partie de la page web contenant la première occurrence et la surligne au fur et à mesure.
Mozilla permet également de définir des mots-clés associés aux marques-pages, ce qui permet d'aller sur le site web concerné en ne tapant dans la barre d'adresse que le mot-clé au lieu de toute l'adresse. Ce système permet aussi de faire de une recherche lorsqu'un paramètre est donné en plus du mot-clé. Par exemple taper "google Apple" dans la barre d'adresse reviendra à faire une recherche sur Apple à l'aide du moteur de recherche Google.
Pour le composant gérant les courriels et les groupes de nouvelles, un filtre bayésien permet de se débarrasser du pourriel après une période d'apprentissage.
Mozilla a apporté le modèle d'extension, qui s'est développé par la suite et a été repris par Firefox et Thunderbird. Grâce aux extensions, (installées via XPInstall) les utilisateurs peuvent activer de nouvelles fonctionnalités comme la navigation via les mouvements de la souris, le blocage des publicités, le basculement de serveur mandataire et des outils de débogage.
Ce système d'extension peut être vu comme une base permettant de tester de nouvelles fonctionnalités. Parfois, une extension ou une partie de celle-ci devient partie intégrante du produit officiel (par exemple le système de navigation par onglet de MultiZilla est devenue une partie intégrante du navigateur Mozilla).
Mozilla permet également à l'utilisateur de personnaliser l'apparence de l'interface à l'aide de paquets formés de CSS et d'images. Le site web Mozilla Add-ons en propose de nombreux. Au-delà de l'ajout de nouveaux thèmes, les utilisateurs peuvent aussi personnaliser l'interface en ajoutant ou en retirant certains boutons et barres d'outils.
De plus, Mozilla enregistre la plupart de ces préférences dans une liste accessible par les utilisateurs depuis la barre d'adresse en tapant about:config. Certaines préférences sont uniquement accessibles de cette façon, comme l'activation des icônes pour les marques-pages.
La fondation Mozilla a porté une certaine attention aux respects des normes existantes et en particulier celles du W3C. Mozilla respecte notamment les normes basiques comme celles du HTML, XML, XHTML, CSS, JavaScript, DOM, MathML, DTD, XSL et XPath.
Mozilla gère également les images PNG et la transparence variable.
Mozilla a également mis en œuvre la grande partie des CSS niveau 2 et commencé l'implémentation de certains modules du niveau 3. En revanche Mozilla n'a pas réussi le test Acid2 pour ce qui concerne le HTML, les CSS, et la gestion des PNG.
Le client de messagerie et de groupe de nouvelles gère les protocoles POP et IMAP. Il gère également le protocole LDAP. La rédaction et la lecture d'e-mail en HTML sont tous les deux gérés.
Mozilla peut fonctionner sur un grand nombre de plates-formes. Sur le site de distribution principal, Mozilla est disponible pour les systèmes d'exploitation suivants :
Mozilla utilise le même format sur différentes plates-formes pour sauvegarder les profils des utilisateurs (qui contiennent leurs configurations personnelles du navigateur), ce qui permet ainsi à un même profil d'être utilisé par plates-formes, du moins si ces dernières peuvent y accéder (par exemple, si un profil est sauvegardé sur une partition FAT32, il sera accessible à la fois depuis Windows et depuis Linux). Cette possibilité est particulièrement intéressante pour les utilisateurs ayant les deux systèmes d'exploitation en dual boot sur leur machine. Toutefois, cela peut causer certains problèmes, en particulier avec les extensions.
Du fait que le projet concerne des personnes du monde entier, le navigateur est traduit dans de nombreuses langues (plus de 36) comme le Chichewa. Comme les messages et textes affichés aux utilisateurs sont enregistrés à dans des chaînes de caractères dans des fichiers de propriétés à l'aide de DTD, le processus d'internationalisation et de régionalisation peut être facilement effectué avec un simple éditeur de texte, même par les simples utilisateurs n'ayant aucune connaissance en programmation.
Mozilla est fourni avec 3 outils de développement web : DOM Inspector (uniquement disponible pour le navigateur de la suite Mozilla), Venkman et JavaScript Console. Cette dernière est plus avancée que les consoles habituellement fournies avec les autres navigateurs. Venkman est un débogueur JavaSript difficile à utiliser mais convenable. Ces trois outils installés d'office peuvent être retirés (sauf la console JavaScript) dans les options d'installations.