Depuis 1941, on a multiplié les démarches pour que le frère André, fortement associé à l'Oratoire Saint-Joseph, soit reconnu comme un saint homme. Dès le début des années 1960, un procès en béatification fut ouvert. Le Tribunal ecclésiastique chargé de la procédure, fit ouvrir le tombeau le 11 septembre 1963, afin de s'assurer de l'intégrité du corps. On trouva alors celui-ci en état de momification et intact. En 1978, le pape Paul VI le déclare vénérable. Le frère André fut ensuite béatifié le 23 mai 1982 par le pape Jean-Paul II, sous le nom de Bienheureux « Frère André Bessette ». Au fil des ans, 10 millions de personnes ont signé des pétitions pour sa canonisation. Mais il fallait que l'Église catholique romaine puisse lui reconnaître un deuxième miracle.
En octobre 2009, ce deuxième miracle a officiellement été reconnu et attribué au Frère André par la Congrégation pour les causes des saints, de sorte que le bienheureux n'a maintenant plus qu'à attendre la décision du pape, sur l'avis de cette congrégation, pour pouvoir être canonisé. Le 19 décembre 2009, le pape Benoît XVI autorise la Congrégation à promulguer le décret concernant ce miracle attribué au frère André Le 19 février 2010, le pape Benoît XVI annonce lors d'un consistoire que le Frère André sera canonisé le 17 octobre 2010.
Le 11 septembre 1984, le Pape Jean-Paul II rendait visite à l'Oratoire lors de son passage à Montréal
L'Oratoire Saint-Joseph annonçait en 2003 le début d'une série de travaux majeurs dans le cadre d'un projet important d’aménagement et de restauration du sanctuaire . Ces rénovations visent à améliorer la sécurité et l’accessibilité pour les visiteurs tout en préservant le patrimoine sacré, urbain et territorial. Les travaux réalisés jusqu'ici incluent la création d’une surface piétonne horizontale accessible aux personnes handicapées située au niveau de la crypte ainsi que l'installations d'escaliers mobiles et d'ascenseurs. L'aménagement paysager des lieux et de l'Axe sacré ont été aussi fortement revu ainsi que les accès en auto et au stationnement
Un centre d’observation sera installé au sommet du dôme de la basilique de l’Oratoire. Il promet d’être, à partir de 2013, le point d’observation le plus haut de Montréal, soit l’équivalent d’un édifice de 45 étages si on le considère à partir du chemin Queen-Mary ou de quelque 150 étages à partir du fleuve Saint-Laurent. La réalisation de ce centre d’observation se fera dans le cadre du projet d'aménagement estimé aujourd’hui à plus de 50 millions de dollars sur 10 ans, dont $ 15 millions pour le dôme.