L'otarie de Kerguelen a été énormément chassée pour sa fourrure aux XVIIIe et XIXe siècles par des chasseurs américains et anglais. Au début du XXe siècle, elle a été considérée comme commercialement éteinte et peut-être même complètement disparue. En fait, une petite population avait subsisté sur l'Île Bird en Géorgie du Sud. Cette colonie s'est développée rapidement au cours du XXe siècle. Les populations actuelles sur les autres îles de l'Antarctique sont soupçonnées de provenir également de cette colonie.
Cette espèce est toujours protégée par les États dans les eaux desquels elle réside, l'Afrique du Sud et l'Australie, ainsi que par la Convention sur la protection des phoques de l'Antarctique entrée en vigueur en 1972. Elle figure également dans l'annexe 2 de la CITES. Toutefois, certains gouvernement, comme le Royaume-Uni, pensent que certaines de ces protections doivent être levées en raison des dommages que cause cette otarie à des plantes antarctiques vulnérables.