Paracelse connaît les mines de cuivre de Villach (1502), les mines de fer de la Suède (1519), les mines d'argent de Schwaz (1533), tant sur l'aspect pratique, médical, que sur l'aspect technologique, alchimique. Il a résumé ainsi sa pensée : « Beaucoup ont dit que l’objectif de l'alchimie était la fabrication de l’or et de l’argent. Pour moi, le but est tout autre, il consiste à rechercher la vertu et le pouvoir qui réside peut-être dans les médicaments. » Il fait donc de la philosophie hermétique ou de la iatrochimie (médecine hermétique), pas de l'alchimie proprement dite. Johann Huser, un de ses éditeurs, a montré que Paracelse n'a écrit aucun livre d'alchimie au sens traditionnel du terme.
Pourquoi les théories de Paracelse continuent-elles à séduire ? Les historiens en débattent encore, mais l'avènement de la distillation semble avoir contribué au changement. La technique s'est imposée à la fin du Moyen Âge dans la communauté des alchimistes, et de nombreux produits naturels ont été testés. À partir des substances naturelles comestibles, tels le fenouil, la noix de muscade et les clous de girofle, les chimistes obtiennent toujours trois types de produits : un fluide volatil, ou « esprit », une substance huileuse, enfin un résidu solide.
Paracelse remplace les quatre Éléments (Terre, Eau, Air, Feu) par trois Substances, ou plutôt, en ajoutant le Sel aux deux substances jusqu'alors admises (Soufre et Mercure), il place les trois Substances dans les quatre Éléments
Quand l’alchimie décompose une chose en ses constituants, le principe sulfureux se sépare comme une huile combustible ou une résine, le principe mercuriel vole comme une fumée ou se manifeste comme un liquide volatil, enfin le principe salé demeure comme une matière cristalline ou amorphe indestructible.
Les médecins se convainquent alors que la digestion n'est pas une cuisson, comme ils l'avaient soutenu précédemment, mais une fermentation.
Pour la préparation des médicaments, il cherche le principe actif, la quintessence. « La quintessence d'une plante est si efficace qu'une demi-once opère plus que cent de la plante en son état naturel. »
Paracelse accepte donc l'alchimie comme art médical pour préparer des remèdes (modus praeparandi rerum medicinalium) mais pas comme technique transmutatoire (alchimia transmutatoria).
Il fut aussi astrologue, comme de nombreux médecins formés à l'université qui exerçaient à cette époque en Europe. L’astrologie jouait un rôle très important dans la médecine de Paracelse. Dans ses Neuf livres del'Archodoxe, il consacre plusieurs chapitres à l’usage de talismans pour guérir les maladies, proposant des talismans pour différentes maladies ainsi que des talismans pour chaque signe du Zodiaque. Il a aussi inventé un alphabet appelé Alphabet des Mages, pour graver le noms des anges sur les talismans.