L'école revendique une tradition de démocratie et de diversité.
Pendant la guerre de Sécession, trois étudiants blancs du Kentucky s'étaient confrontés au directeur de l'époque, Gideon Lane Soule, à propos de la présence d'un élève afro-américain à Exeter. Lorsqu'ils demandèrent que l'élève soit expulsé en raison de sa couleur, Soule leur répondît : « vous pouvez faire ce que vous voulez mais ce garçon restera ».
L'une des devises non officielles d'Exeter - "Des jeunes de tous les quartiers" - est extraite de l'acte de donation, et est largement citée et soulignée dans le cours d'introduction des étudiants de première année à la rentrée. Cette phrase a également influencé la politique d'admission de l'école. L'ancien directeur des bourses d'études H. Hamilton "Hammy" Bissell (en) a longtemps travaillé pour permettre à des étudiants qualifiés de tous les États-Unis d'entrer à Exeter.
En 2006, le corps des étudiants regroupe des élèves de 45 États, du Columbia District, de Porto Rico, des Îles Vierges, et de 26 pays. Les étudiants d'origine non européenne représentent 38% de l'ensemble (dont 24% d'asiatiques, 8% de noirs, 6% d'hispaniques et latino-américains, 0,4% d'amérindiens). 13% des étudiants font l'objet d'une politique de discrimination positive (legacy preferences). Parmi les 345 nouveaux élèves admis en 2006, 54% provenaient de l'enseignement public, et 46% de l'enseignement privé, religieux, militaire, familial, ou d'écoles étrangères.
La plupart des étudiants (81%) vivent sur le campus d'Exeter, en résidence universitaire ou en appartements. Les 19% restants sont des externes habitant les alentours.
La Phillips Exeter Academy utilise ses propres termes pour désigner les niveaux d'étude : les étudiants de première année sont les Juniors (surnommés les "Preps"), ceux de deuxième année les Lower Middlers ou "Lowers", ceux de troisième année les Upper Middlers ou "Uppers", et les étudiants de quatrième année les Seniors. Exeter admet aussi des postgraduates, ou "PGs".
Les cours ont lieu du lundi au samedi, mais mercredi et samedi sont des demi-journées. Exeter utilise un système de notation à onze points, dans lequel un 20/20 vaut onze points. Le ratio élèves / enseignants est de 5. La majorité des professeurs sont diplômés de l'enseignement supérieur.
Il est proposé aux élèves de prendre des cours de lettres, de langues classiques ou modernes, d'informatique, d'anglais, de sciences du corps, d'histoire, de mathématiques, de religion, et de sciences. La plupart des étudiants obtiennent un diplôme de lettres anglaises, mais ceux qui se spécialisent en latin ou grec ancien obtiennent un diplôme de lettres classiques.
L'école respecte la tradition de la remise des prix, généralement lors d'une cérémonie annuelle de remise des diplômes, le Prize Day. Mais certains prix peuvent être remis lors d'occasions spéciales (Graduation Day Awards et Lamont Young Poet Day Awards).
La Phillips Exeter Academy tutorise des programmes trimestriels d'études à l'étranger :
Ainsi que des sessions scolaires complètes en :
L'école propose également des programmes d'été en langues étrangères en France, au Japon, en Espagne, et à Taïwan, ainsi que le Washington Intern Program, qui offre aux étudiants des stages au bureau d'un sénateur ou d'un représentant du Congrès. Le programme de la Milton Mountain School permet en outre d'étudier dans la petite localité de Vershire dans le Vermont.
A l'origine, Exeter était considérée comme une école préparatoire à l'université Harvard, comme sa rivale la Phillips Academy était la porte d'entrée de Yale. Mais aujourd'hui les exoniens sont admis dans de nombreuses universités américaines ou étrangères. Depuis plusieurs années, la plupart des élèves d'Exeter intègrent Harvard mais leur nombre limité ne représente pas la majorité des admissions de cette école.
Les élèves de la promotion 2005-2007 ont intégré pour la plupart (classement alphabétique) le Dartmouth College, l'université de Georgetown, l'université Harvard, l'université de Pennsylvanie, l'université de Princeton, l'université Stanford, l'université Tufts, et l'université Yale.