La Province des Îles est gérée par une « Assemblée de Province » qui siège à Wé sur Lifou. Initialement composée de 7 membres de 1989 à 1999, elle comporte aujourd'hui 14 élus, dont parmi eux 7 siègent également au Congrès de la Nouvelle-Calédonie. Elle est élue pour un mandat de 5 ans au suffrage universel direct et au Scrutin proportionnel plurinominal à 1 tour. Elle élit ensuite en son sein un président (qui doit être élu, lors des 2 premiers tours de scrutin, à la majorité absolue, puis à la majorité simple au 3e tour) et trois vice-présidents.
La Province des Îles est majoritairement indépendantiste et dominée par la gauche locale. Ainsi, fief du FLNKS depuis sa création en 1989, elle a toujours fait l'objet de la présence, au moment des élections, d'une multitude de listes indépendantistes qui coopèrent ensuite largement au sein de l'assemblée. Et si les anti-indépendantistes ont toujours bénéficier de la présence d'au moins deux élus, ils sont désormais absents de l'assemblée provinciale depuis les élections provinciales du 10 mai 2009, du fait de leur division en trois listes distinctes.
En mai 2009, l'Assemblée de la Province des îles Loyauté était ainsi constituée :
Les résultats des élections provinciales du 10 mai 2009 dans la province sont toutefois annulés par le Conseil d'État le 16 octobre suivant, du fait d'une « accumulation d’irrégularités, d’une ampleur particulièrement significative », notamment dans la rédaction des procès verbaux des bureaux de dépouillement (oubli de mentions de votes par procuration, ou au contraire nombre de procurations notées supérieures à celles octroyées) ou par le nombre particulièrement élevé de procurations (de l’ordre de 60 à 80% des électeurs dans certains bureaux de vote). Le Conseil d'État avait été saisi au lendemain du scrutin par le Parti travailliste. C'est la deuxième fois en dix ans que le vote des îles est annulé, et de plus en plus d'hommes politiques loyaltiens se sont prononcés en faveur de l'ouverture d'un bureau de vote spécial pour les îliens « expatriés » à Nouméa.
Lors des élections anticipées prévues du 6 décembre 2009, les listes UC-FLNKS, LKS-Dynamique autochtone et Parti travailliste sont conservées pratiquement à l'identique par rapport à l'élection du 10 mai et gardent les mêmes têtes de liste (respectivement Néko Hnepeune, Nidoïsh Naisseline et Louis Kotra Uregei). En revanche, la liste d'union UNI se divise en deux avec d'une part le Palika cette fois tirée par l'ancien membre du gouvernement Charles Washetine, dont l'absence avait été particulièrement remarquée aux élections de mai, et d'autre part « l'Union nationale pour le renouveau » tiré par la tête de liste de mai Jacques Lalié en réunissant les deux composantes de l'ancienne UNI non membres du FLNKS, à savoir l'UC Renouveau de Lalié et le FDIL de Cono Hamu (n°3 sur la liste), ainsi que des dissidents du Palika comme Éliane Waitronyie Caihé (n°2). Les non-indépendantistes pour leur part, échaudés par leur division en trois formations en mai, ce qui avait entraîné la perte de toute représentation à l'Assemblée de province, décident de s'unir sous le nom de « Les îles pour tous » et la conduite du sénateur Simon Loueckhote (qui avait mené toutes les listes du RPCR de 1989 à 2004 mais avait décidé en 2008 de fonder son propre parti, le LMD, et de se présenter sur une liste commune avec l'Avenir ensemble de Harold Martin en mai).
Nouvelle assemblée, en place depuis décembre 2009 :
De 2004 à 2009, l'Assemblée de la Province des îles Loyauté était ainsi constituée :
De 1999 à 2000, l'Assemblée de la Province des îles Loyauté était ainsi constituée :
Mais le résultat des élections de 1999 dans les îles Loyauté ont néanmoins rapidement été contestés par les trois autres formations disposant de sièges à l'Assemblée : le LKS, la FCCI et le RPCR (2 sièges chacun). En effet, ceux-ci dénoncent un certain nombre d'irrégularités ayant eu lieu dans le déroulement du scrutin telles que remarquées par la commission de recensement général des votes de la province.
Tout d'abord, le nombre de votants diffère entre les procès verbaux de certains bureaux de vote et les listes d'émargement. De plus, des incidents relatifs aux procédures de dépouillement ont été mis en avant comme l'absence de feuilles de pointage dans certains bureaux de vote, des procès verbaux incomplets ou au contraire surchargés ou encore des feuilles de dépouillement illisibles ou non signées. Mais surtout, le problème principalement mis en avant par ces forces d'opposition fut les signatures répétées de mêmes électeurs dans plusieurs bureaux de vote, notamment dans celui de Maré 5 où un citoyen a signé 30 fois sur la liste d'émargement. Il s'agissait essentiellement alors d'une conséquence du trop grand nombre de procurations accordées aux Îles Loyauté, dont une grande partie des inscrits vit sur la Grande Terre pour y travailler.
Devant ces irrégularités, une requête pour annuler les élections fut rapidement déposée devant le Conseil d'État par le LKS, soutenu dans sa démarche par la FCCI et le RPCR. L'arrêt rendu par la plus haute juridiction administrative française le 15 mai 2000 leur donne raison et de nouvelles élections sont organisées dans les Îles Loyauté le 25 juin 2000.
La nouvelle Assemblée, de 2000 à 2004, est ainsi constituée :
C'est également à Wé que se trouvent les services du commissaire délégué de la République (délégué du Haut-commissaire de la République pour la Province des Îles Loyauté). Celui-ci a pratiquement les mêmes pouvoirs qu'un sous-préfet.