Le projet de prolongement du RER E vers l'ouest par des voies nouvelles (en tunnel intégral jusqu'à La Défense, c'est-à-dire sans utiliser les voies de surface partant de la gare Saint-Lazare) devrait permettre de conserver une desserte de La Défense depuis les quais de la gare Saint-Lazare avec la capacité de transport de voyageurs correspondante.
Cette solution, outre qu'elle crée des capacités de transport supplémentaires entre le quartier de la gare Saint-Lazare et celui de La Défense permet par ailleurs de préserver la souplesse nécessaire à l'exploitation du groupe II et, par exemple, d'améliorer le maillage.
Le Syndicat des transports d'Île-de-France (STIF) a ainsi annoncé, le 9 décembre 2009, que le nombre de trains marquant l’arrêt à Pont-Cardinet serait augmenté fortement. Mais cette possible amélioration est à mettre en perspective avec une demande concurrente faite au STIF : celle d'étudier la réalisation d'une station de métro à Pont-Cardinet lors du prolongement au nord de la ligne 14.
Les lignes du réseau Transilien Paris Saint-Lazare seront réorganisées à l'occasion du prolongement du RER E vers l'ouest.
Le dossier d'objectifs et de caractéristiques principales (DOCP) du prolongement du RER E prévoit une reprise par le RER E des trains Transilien du Groupe V de Saint-Lazare (PSL – Poissy – Mantes-la-Jolie / Les Mureaux). Ainsi, la gare Saint-Lazare et ses voies en amont, jusqu'au niveau de Nanterre, bénéficieront d'une amélioration sensible, avec la suppression de six trains par heure aux heures de pointe.
Une autre réorganisation pourrait intervenir en cas de réalisation du projet connexe de création d'une LGV Normandie ou, à tout le moins, d'une ligne nouvelle pour la circulation des trains normands, entre Mantes et Nanterre. Dans ce cas, à l'avenir, les voies actuellement utilisées par les trains normands en amont de Nanterre pourraient être entièrement consacrées à la circulation des trains Transilien et ceux des lignes du RER (RER A et, à l'avenir, RER E), mettant fin à un grand nombre de conflits de circulation.