La JAXA utilise les fusées de l’ex-NASDA pour la mise en orbite de satellites météorologique. Pour des missions scientifiques du type astronomie des rayons X , la JAXA s’est servie de fusées à ergols solides de l’ex-ISAS. Pour les expériences dans les couches atmosphériques supérieures, la JAXA utilise les fusée-sondes SS-520, S-520 et S-310. De plus, la JAXA, , Lockheed Martin et Galaxy Express Corporation (GALEX) développent actuellement la fusée spatiale . GX sera la première fusée au monde à utiliser du gaz naturel liquide comme carburant.
La JAXA poursuit des programmes spatiaux scientifiques ambitieux :
L'agence spatiale japonaise développe également un projet d'avion supersonique commercial, Supersonic Transport (SST). Il relierait Tōkyō à Los Angeles en environ 4 heures. Considéré comme le successeur du Concorde, il a notamment pour objectifs de corriger ses défauts, comme sa forte consommation de carburant et son bruit important.