Le lac Bonneville remplissait la plus grande partie du Grand Bassin, une dépression entre la Sierra Nevada, le plateau du Colorado et les Montagnes Wasatch, après la fonte des glaciers il y a 15 000 ans. À mesure que le climat s'est réchauffé, l'évaporation est devenue plus importante que l'apport en eau des rivières s'y jetant et son niveau s'est mis à baisser. Lorsqu'il est passé sous le niveau de toute sortie de la dépression, le lac est devenu une mer intérieure et le taux de sel s'est mis à monter. Avec l'évaporation continue, le lac s'est asséché presque complètement et a laissé des salars.
L'histoire du peuplement humain dans le Grand Bassin remonte au moins à 12 000 ans. Au moment de l'arrivée des européens, la région était habitée par un grand nombre de tribus amérindiennes du groupe des uto-aztèques connues collectivement sous le nom des tribus du Grand Bassin. Il y avait par exemple les Shoshones, les Utes et les Païutes. Les premiers européens à arriver dans la région furent les premiers explorateurs espagnols, dans le sud-ouest, à la fin du XVIIIe siècle. Des chasseurs de fourrure de la Compagnie de la Baie d'Hudson explorèrent la région haute du bassin au début du XIXe siècle. Les États-Unis acquirent le contrôle complet de la région avec le Traité de l'Orégon de 1846 et le Traité de Guadalupe Hidalgo de 1848. La première véritable colonie fut celle des premiers pionniers mormons de la fin des années 1840 dans les zones entourant Salt Lake City et la vallée de Cache.
Plusieurs films ont été tournés sur ce salar dont des portions de Independence Day, Warlock, The Brown Bunny, Cremaster 2 de la série Cremaster, The World's Fastest Indian (L'histoire de Burt Munro) et une scène de Pirates des Caraïbes, jusqu'au bout du monde.
Plusieurs produits ou sociétés sont nommés en son honneur :