Les langues de Bornéo appartiennent pratiquement toutes aux rameaux suivants de la branche malayo-polynésienne des langues austronésiennes :
Parmi les langues de Bornéo qui n'appartiennent pas à ces rameaux, figurent notamment les diverses formes de malais.
Située sur les grandes routes maritimes entre la Chine et d'une part l'archipel indonésien et d'autre part l'Inde et le Moyen-Orient, Bornéo est très tôt intégrée dans un réseau commercial international.
Les noms de Filipines (sur la côte nord de l'île), Kutai (dans l'est), Banjarmasin (sur la côte sud) et du Sukadana (sur la côte ouest) sont attestés dès le XIVe siècle. Le Nagarakertagama, un poème épique écrit en 1365 dans le royaume javanais de Majapahit, les mentionne en effet parmi les quelques cent « contrées tributaires » du royaume. En réalité, le territoire contrôlé par Majapahit ne s'étendait que sur une partie de l'est et du centre de Java. Les contrées tributaires étaient en fait des comptoirs formant un réseau commercial dont Majapahit était le centre.
Les Portugais et les Espagnols sont les premiers Européens à s'intéresser à Bornéo au XVIe siècle.
Puis, à partir du XVIIe siècle, l'île devient l'enjeu de luttes entre Hollandais et Anglais. Cette rivalité explique la division actuelle de l'île, inchangée depuis les décolonisations. Ce contexte historique permet de comprendre la période de conflit qui, de 1962 à 1966, a opposé l'Indonésie à la Malaisie sur la question du statut du nord de Bornéo.
La culture du palmier à huile s'est propagée à une vitesse fulgurante : un bienfait pour l'économie du pays, une catastrophe pour sa biodiversité. La plaine du Kinabatangan, où jadis s'étendait la forêt primaire, est désormais convertie à cette monoculture qui a transformé les paysages des îles de Bornéo.
Riche de dizaines de milliers d'espèces animales et végétales dont une grande partie reste encore à découvrir, la forêt primaire de Bornéo, au cœur de l'Insulinde, est une sorte de paradis primitif pour de nombreuses espèces endémiques et rares. Des conditions de vie extrême (chaleur, hygrométrie proche de la saturation et luminosité au sol presque nulle), y ont créé un univers unique où les plantes sont volontiers carnivores, les lézards et les singes volent et les crapauds savent se déguiser en feuilles mortes. L'île est parmi les zones du monde les plus riches en biodiversité, et de nouvelles espèces y sont souvent découvertes, les plus étonnantes pouvant être relayées par la presse, comme c'est le cas de la limace Ibycus rachelae, le phasme Phobaeticus chani ou la grenouille Barbourula kalimantanensis.
Les plantes carnivores présentes à Bornéo font notamment partie du genre Nepenthes dont on compte plus de soixante espèces originaires de l'île. Les népenthes sont des plantes vivaces, terrestres ou épiphytes qui attirent leurs proies par le nectar que l'on trouve autour du péristome et sur la face interne de l'opercule. Les proies glissent, s'engluent et finissent par être digérées par des enzymes situées dans le fond de l'urne qui dégradent les tissus de l'animal.
Quelques exemples de nepenthes présentent sur l'île : N. rajah, N. villosa, N. truncata...
De toutes les grandes étendues forestières tropicales, celle Bornéo est celle qui régresse actuellement le plus rapidement, notamment à cause des incendies ou feux de forêts (qui sont en outre sous les tropiques une source massive de gaz à effet de serre, et de dégradation des « puits de carbone » (sols et tourbes notamment).
Dans le Sud-Est-Asiatique, Bornéo connait le plus fort taux de déforestation au monde. Le feu y est l'une des premières causes de déforestation, et occasionne un énorme relargage de CO2 dans l’air. Près d’un quart des forêts de Bornéo (parmi les plus riches du monde en biodiversité) a brûlé au moins une fois en 10 ans. Une analyse de tous les incendies observés par plusieurs satellites survenus à Bornéo sur 10 ans a montré que :
Limiter les feux de forêt en zone tropicale aurait un impact très important sur le climat ; le « Zéro feux » est un des objectifs de l'ASEAN.