L'espèce se trouve de nouveau aujourd'hui dans la quasi totalité de son ancienne aire de répartition (les Alpes), mais de façon très discontinue, en petits habitats dispersés.
« Dans les années 1990, il était estimé que 30 000 ibex vivaient dans les Alpes (Pedrotti et Lovari 1999). Les populations ont augmenté régulièrement depuis les années 60 jusqu'aux années 1990 [...]. Environ 15 000 ibex vivent en Suisse, 9 700 en Italie, 3 200 en Autriche, 3 300 en France, 250 en Slovénie, et 220 en Allemagne (Shackleton 1997). »
En 1906, Joseph Bérard, descendant d’une famille légendaire de braconniers de la Vallée d’Aoste, s'introduit illégalement dans une des réserves royales italienne et y capture deux jeunes femelles et un mâle qui sont introduits en fraude en Suisse, où ils serviront à la constitution d'une colonie.
Quelques animaux en provenance du Grand Paradis sont revenu naturellement en vallée de la Maurienne (France) dans le courant du XXe siècle, renforcés peut-être par quelques survivants locaux.
Ils étaient une soixantaine quand eut lieu en 1963 la création du Parc national de la Vanoise, qui englobe la Maurienne et jouxte la réserve italienne du Grand paradis, principal refuge de l'espèce. Le Parc national de la Vanoise protège alors intégralement l'animal, qu'il adopte comme emblème. Des animaux commencent alors à sortir du parc, recolonisant naturellement les espaces proches de celui-ci.
Pour accélérer le repeuplement, des réintroductions ont été entreprises avec succès en Vanoise, plus précisément dans la vallée de Champagny (1980) et au pied du Mont Pourri (1969).
En 1981, un arrêté ministériel vient protéger intégralement le bouquetin sur tout le territoire national.
Aujourd'hui, les Alpes françaises abritent environ 7 300 animaux (estimation 2003), et c'est le Parc national de la Vanoise qui abrite la plus grande population : environ 2 600 individus. On peut aussi le trouver en Haute-Savoie, dans Belledonne, le Vercors, les Écrins, l'Ubaye ou le Mercantour. Au printemps 2010, il est réintroduit dans le massif de la Chartreuse.
L'animal a été réintroduit dans les Alpes slovènes.
« La première colonie fut rétablie en 1924 dans la vallée de Bluhnbach (montagne de Hagen), et la seconde en 1936, plus à l'est dans Wildalpen, de sorte qu'en 1988, 740 bouquetins avaient été libérés ».
La première réintroduction de 24 animaux a été effectuée en 1936 par le régime nazi, près de Berchtesgaden. La population est restée longtemps assez faible, mais a été renforcée par des animaux venus de Suisse et quelques réintroductions supplémentaires. Il y avait dans les années 1990 quatre populations stables, mais celles-ci restent plus limitées qu'en France ou en Italie.
Dans le milieu des années 1980, une population a été introduite dans le massif de Rila, en Bulgarie.
Pays ayant permis la préservation de l'espèce, l'Italie a aussi favorisé sa « réintroductions, combinée à une certaine migration spontanée en provenance de pays voisins, [...] mais sa distribution est encore assez discontinue dans les Alpes » italiennes.
Le bouquetin est un animal des hautes montagnes, mais selon les saisons, l'altitude à laquelle on peut les trouver varie de 500 à 3 000 m.
C'est l'été que les animaux montent le plus haut, aux cols les plus élevés, sur les sommets ou les crêtes. Au printemps, ils descendent très bas. À l'automne, ils sont un peu plus haut, mais ils restent faciles à approcher. L'hiver, ils peuvent descendre jusque dans les vallées pour trouver de la nourriture, car ils ne craignent pas la proximité de l'homme.
En règle générale, le bouquetin aime les pentes rocheuses et ensoleillées, où il passe le plus clair de son temps à se prélasser. Un versant ensoleillé avec des coulées de pierres et quelques touffes d'herbe sont l'idéal pour eux.