Les juvéniles présentent un taux élevé de mortalité naturelle; leurs prédateurs principaux sont les rapaces, spécialement le carancho ou polyborus plancus, le gavilán cangrejero, un épervier et le jabirú. Sans aucun doute la chasse humaine pour l'usage de la peau —plus délicate et moins résistante que celle des autres espèces — a été le principal élément de l'importante réduction en nombre de l'espèce. On le chasse aussi, mais en moins grand nombre pour la consommation de sa chair et de ses œufs.
Il existe différents projets d'élevage en ferme de caïman à museau large, tant au Brésil qu'en Argentine. Une partie de la production sert à repeupler le milieu ambiant, et le reste en vue d'une exploitation commerciale.
Ses habitudes reproductives ressemblent à celle de son parent le yacaré noir. Son époque de reproduction se situe au début de l'été; les mâles marquent leur territoire et se battent avec les autres pour en expulser les plus faibles. Les femelles parcourent la zone et copulent à répétition pour garantir la fécondation des œufs. Peu après, elles construisent un nid, parfois avec l'aide du mâle, avec les matériaux se trouvant dans le secteur, toujours près d'une surface aqueuse. Elles y déposeront entre 20 et 60 œufs. Le nid a la forme d'un monticule de matières organiques de jusqu'à un mètre et demi de diamètre et 60 cm de hauteur, dans lequel les œufs sont répartis en deux couches. C'est la différence de température entre les deux étages qui déterminera le sexe des petits et garantira ainsi l'équilibre des sexes des nouveau-nés.
Un des parents, généralement la femelle, surveille le nid pendant les deux mois d'incubation, bien que dans des zones où la chasse au caïman est intense, ils puissent abandonner le nid pour s'enfuir. La chaleur nécessaire à l'incubation provient du sol et de la décomposition des matières organiques formant le nid (phénomène analogue à celui du fumier de nos fermes).
L'éclosion coïncide avec la saison des pluies les plus intenses; les exemplaires juvéniles vivront dans les ruisseaux les plus petits jusqu'à ce que leur carapace se fortifie. Les parents, qui par ailleurs ont aidé à l'éclosion protègent en général la couvée pendant plusieurs mois.