Le traitement de la cardiomyopathie hypertrophique a deux objectifs: d'une part, permettre au cœur de continuer à propulser le sang dans la circulation le mieux possible, et d'autre part, tenter de prévenir le risque de mort subite. On utilise les inhibiteurs de l'enzyme de conversion (enalapril, ramipril, benazepril) pour diminuer les effets secondaires de la cardiomyopathie sur le système rénine - angiotensine - aldostérone, le diltiazem ou les bêta bloquants pour contrôler les troubles du rythme, et l'aspirine, puissant anti-agrégant plaquettaire, pour prévenir l'apparition des thrombi qui sont à l'origine des morts subites. Il n'existe pour le moment aucun traitement qui puisse guérir de la CMH.
Dans les faits, les races maine coon et ragdoll sont les races les plus suivies pour la maladie au niveau des élevages, et la recherche (poussée par les éleveurs de maine coons depuis le début des années 1990) a même permis d'identifier une mutation génétique propre au maine coon et au ragdoll, décelable par test ADN. Ce test ADN permet de détecter la mutation du gène MyBPC3 chez ses deux races. Comme on sait qu’il existe au moins une autre cause de HCM chez le chat, ce seul test ADN n’est pas suffisant pour dire si un chat est indemne ou non. Il faut compléter avec des échocardiographies dès l’âge de 18 mois. Les échographie 2d et M-mode permettent de mesurer l’épaisseur des parois du cœur et la taille des cavités auxquelles ont ajoute une écho doppler couleur, plus précise que l’écho doppler pulsé ou l’écho doppler continu. Cette dernière échographie permet une vue des flux sanguins à l’intérieur du cœur. Certaines cliniques vétérinaires possèdent également le matériel nécessaire pour réaliser des échos doppler tissulaire, ce qui permet de détecter les formes plus précoces de la maladie.
Il faut toutefois rester vigilant car d’autres maladies entrainent un épaississement des parois du cœur qui pourrait faire croire à l’échographie à un CMH, notamment la polykystose rénale, une hyperthyroïdie, ou de l’hypertension. Il convient alors de compléter l’examen par une analyse sanguine pour écarter tout autre cause, particulièrement chez les chats plus âgés.
À l'heure actuelle, les éleveurs des principales races concernées travaillent avec les écoles vétérinaires (notamment le service Cardiologie de l'école nationale vétérinaire d'Alfort) pour améliorer les solutions de détection d'individus porteurs, afin de les éliminer du circuit de reproduction.
De nombreux autres laboratoires partout dans le monde travaillent à la recherche sur cette maladie. Les docteurs Meurs et Kittleson d’UC Davis sont particulièrement impliqués dans cette recherche, tout comme le laboratoire Antagene, l’école vétérinaire danoise et la Winn Feline Health Foundation qui soulève des fonds pour la recherche sur le HCM pour le ragdoll, le norvégien et le sphynx ou.
La maladie évolue toujours vers la mort de l’individu par arrêt cardiaque.