Dans les années 50, des luttes internes ont lieu entre les différents groupes d'idées émergents. La Guerre d'Algérie ne fait qu'envenimer ces luttes, même si l'UNEF ne souhaite pas prendre position en sa faveur ou en sa défaveur, car elle est présente - dans les milieux étudiants - à la fois en France métropolitaine et en Algérie. Les « majos », à tendance corporatiste (alors que les « minos » sont politiquement plus à gauche et font prendre à l'UNEF des positions anti-guerre dès 1956, avec entre autres la question du service militaire des étudiants), considèrent malgré tout que l'Algérie est et doit rester française. Certains dissidents créent le Mouvement des étudiants de France, qui ne dure pas, mais cette évolution marque le début de la création de contre-pouvoirs. Face à ces remous, le gouvernement menace de supprimer le Centre national des œuvres et oblige le syndicat à signer une charte d'apolitisme pour mettre fin aux luttes internes, qui ne font qu'affaiblir l'UNEF.
« Carte universitaire » visant à organiser la répartition des moyens entre universités et à limiter la création des filières. Manifestations contre la carte universitaire. Manifestations au mois de mai pour la défense des étudiants étrangers contre le décret Imbert. Le 13 mai, un émeutier de Jussieu, Alain Bégrand, se tue en tentant d'échapper à la charge des CRS sur le parvis de l'université. Le lendemain, les universités sont en grève. L'université de Jussieu sera alors occupée jusqu'à la fin de l'année.
Unification du MAS, de l'UNEF Unité syndicale et du Cosef dans "l'UNEF indépendante et démocratique" (UNEF ID) avec l'appui de la MNEF.
Création de la Coordination libertaire étudiante (CLE).
Mai : loi Savary supprimant la sélection à l'entrée de l'université. Réforme des premiers cycles et premières expériences de contractualisation État/Université. Émeutes et grève organisées par l'extrême-droite dans les universités les plus élitistes ou à droite : la presse parle alors d'un « Mai 68 à l'envers » (Lyon-III y participe, soutenu par la direction. La situation reste cependant assez calme, malgré la pression du GUD, et le président Goudet décide la fermeture de la fac.
Projet Devaquet de rétablissement de la sélection entre les bacheliers (avec une hausse des droits d’inscription et une plus grande autonomie financière des universités).
Automne : Manifestations et grève générale contre le projet Devaquet (départ : Paris XIII-Villetaneuse et Amiens). Chaque semaine, une manifestation nationale est organisée à Paris. Ces manifestations rassemblent jusqu'à un million d'étudiants et tournent systématiquement à l'émeute. Finalement, les étudiants de province décident de rester à Paris pendant plusieurs jours. Les manifestations sont de plus en plus violentes.
Le 4 décembre, la Sorbonne est occupée. Un manifestant a la main arrachée en ramassant une grenade. Le lendemain, la police fait évacuer la Sorbonne et tue un étudiant (Malik Oussekine) dans la rue Monsieur-le-Prince. Jacques Chirac est contraint de renoncer à sa réforme et Alain Devaquet est obligé de démissionner.
La CNEF cesse de fonctionner.
La majorité de la direction de l'UNEF-ID passe du trotskisme au PS.
Loi d’orientation Jospin. Distribution des crédits et des moyens aux organisations élues au CNESER en fonction des résultats électoraux.
Création en septembre 1989, à la faculté de Pharmacie de Paris V, de la FAGE (Fédération des Associations Générales d'Étudiants. La FAGE est un regroupement de fédérations locales d'associations étudiantes. Le nom de l'UNAGEF est envisagé. La ligne idéologique de la FAGE est marquée par un fort régionalisme et une ligne apolitique et gestionnaire, s'estimant dans la lignée de la UNAGEF de la première moitié du XXe siècle. Les fédérations à l'initiative de sa création sont l'AFGES (Strasbourg), l'AGEM (Montpellier), l'AGEN (Nantes), la Fédération des étudiants de Toulouse et la Fédération de l'Université catholique de Lille, qui constitueront son premier bureau.
Dès 1989, la FAGE rencontre l'opposition de fédérations régionales (Lyon) ou corporatiste (droit), deux mouvements qui seront le berceau fondateur de PDE, le cousin hostile de la FAGE depuis 1994.