Le système éducatif malien, dont les objectifs ont été définis sous la présidence de Modibo Keïta, connaît une profonde évolution ces quinze dernières années avec l’augmentation de la scolarisation des enfants. Le taux brut de scolarisation en 2001/2002 était de 64% (75 % pour les garçons, 54 % pour les filles).
Malgré une politique faisant appel au secteur privé et une implication importante des ONG, le système éducatif malien reste confronté à de nombreuses difficultés : retard dans la scolarisation des filles, manque de moyens (infrastructures, manuels scolaires, personnel) dû notamment aux restrictions budgétaires imposées par les institutions internationales, classes surchargées, abandons fréquents.
À côté du système classique se développent d’autres formes de scolarisation comme les clos d’enfants pour les plus jeunes ou les médersas.
Au moment de la colonisation française, les écoles construites par les Français vont servir à installer le pouvoir colonial. Joseph Gallieni fait construire l’« école des otages » à Kayes le 1er décembre 1886, puis d’autres à Bafoulabé et Kita. Les colonisateurs français voulaient recruter de force les fils de chef et de notable afin de les surveiller et les former pour devenir des auxiliaires. Le programme était basé sur l’acquisition de rudiments de français et de mathématiques. En 1887, sept des dix postes militaires au Soudan français avait une école. Mais le successeur de Joseph Galliéni, Louis Archinard, supprime, pour raison budgétaire, toutes les écoles entre 1890 et 1893, à l’exception de la mission catholique de Kita et de l’école des otages de Kayes.
Avec l’arrivée de Louis Edgard Trentinian (gouverneur entre 1895 et 1899, des écoles sont de nouveaux ouvertes afin de former les cadres subalternes de l’administration (interprète et commis) et les employés de commerces et tenter de réprimer toute velléité de résistance. Ainsi, le 28 avril 1898, l'École des fils de chefs recevait Adama Traoré et Souleymane Traoré, les deux fils de Babemba Traoré, roi du Kénédougou qui venait de se suicider avant l’entrée des Français dans Sikasso. Les « écoles des otages » deviennent les écoles des fils de chefs et d’interprètes.
En 1916, une école professionnelle, l’école primaire supérieure, qui portera le nom de Terrasson de Fougères en 1931, est ouverte à Bamako.En 1946/1947, elle devient le Collège classique Terrassons de Fougères puis le 20 mai 1950 le Lycée Terrassons de Fougères. A l’indépendance du Mali, il portera le nom de Askia Mohamed.
L’enseignement en Afrique occidentale française (AOF) dont fait partie le Soudan français, s’organise progressivement avec des arrêtés de 1903, 1912 et 1948. Cependant, cette école reste pour une élite. A l’indépendance, seulement 8 % des enfants étaient scolarisés.
Le premier président du Mali indépendant, Modibo Keïta proclame l’éducation comme une priorité. La première république affiche comme volonté un enseignement de masse et de qualité, qui permettrait au Mali de disposer des cadres nécessaires pour le développement du pays. L’éducation doit préserver la culture et les valeurs maliennes, « décoloniser les esprits ». L’enseignement fondamental passe de 6 à 9 ans, l’examen de fin d’études primaires est supprimé. En 1962 la loi instituant le système éducatif est adoptée et un programme de construction d’écoles, de recrutement et de formation des enseignants et de fourniture d’équipements est décidé. À la fin des années 1960, un tiers des garçons et 20 % des filles sont scolarisés, soit trois fois plus qu’en 1960 à l’indépendance.
Le coup d’État militaire de 1968 et le régime autoritaire de Moussa Traoré donne un coup d’arrêt au processus. La fonction enseignante est dévalorisée, le corps enseignant et son syndicat, le Syndicat national de l’éducation et de la culture (SNEC) sont réprimés. D’autre part, les économies budgétaires imposées par les organisations internationales (FMI, Banque mondiale) entraînent une baisse du budget de l’éducation nationale qui aura comme conséquences une diminution des effectifs enseignants, démotivés par des retards de paiements. Ainsi, les effectifs d’enseignants de l’enseignement fondamental baissent de plus de 10 % entre 1985 et 1990. En 1980, la ruralisation des écoles instaure leur autofinancement. La crise de l’école, les multiples conflits entre le régime de Moussa Traoré et les enseignants et les élèves entraînent la désaffection des familles pour l’école. Entre 1968 et 1989, le taux de scolarisation passe de 29 % en à 22 %.
L'école devient le terrain de la lutte pour la démocratie. Des révoltes étudiantes éclatent en 1970 et 1972, puis de façon plus structurée en 1976/1977 et 1980. Elles sont violemment réprimées par le pouvoir. Le 17 mars 1980, le leader de l'Union nationale des élèves et étudiants du Mali, Abdoul Karim Camara dit Cabral est assassiné.
Avec l’instauration de la troisième république et l’élection d’Alpha Oumar Konaré à la présidence de la République, l’éducation redevient une priorité, contrariée cependant par le manque de moyens. L’État fait appel au privé pour l’aider à accueillir une population scolaire plus nombreuse. En juillet 1994, l’enseignement privé est reconnu par l’État qui contrôle la conformité des programmes et organise les examens. Les écoles communautaires créées, gérées et financées par des communautés villageoises ou des associations bénéficiant de la reconnaissance et du soutien de l’État. Pour l'année scolaire 1997-1998, les 1 369 écoles communautaires accueillaient 83 360 élèves.