L'Eyjafjöll est situé dans le sud de l'Islande, encadré au sud par l'océan Atlantique, au nord par la vallée de Þórsmörk et à l'est par la calotte glaciaire de Mýrdalsjökull recouvrant plusieurs autres volcans dont le Katla. La montagne est visible depuis l'archipel des îles Vestmann qui se trouve au sud-ouest.
L'Eyjafjöll culmine à 1 666 mètres d'altitude au sommet appelé Godusteinn ou Hámundur. Il s'agit d'un stratovolcan érodé construit par des laves basaltiques et andésitiques. De forme allongée, orientée dans le sens est-ouest, la montagne est couronnée par une caldeira de deux kilomètres et demi de diamètre. Une bonne partie de la montagne est recouverte d'une calotte glaciaire, l'Eyjafjallajökull, qui émet quelques langues glaciaires dans les vallées qui descendent du volcan.
La plupart des éruptions de l'Eyjafjöll sont de type fissurales et se produisent préférentiellement sur ses flancs Est et Ouest du volcan, notamment aux bouches éruptives de Hamragardahraun, Hofdahraun, Irahraun, Midskalarheidahraun, Raudahraun et Skerjahraun.
Le sandur de l'Eyjafjöll, la plaine s'étendant à ses pieds jusqu'à l'océan Atlantique, s'est construit par le dépôt successif de matériaux, notamment de hyaloclastites, charriés par des inondations provoquées par les différentes éruptions sous-glaciaires de l'Eyjafjöll et du Katla.