Les Comores sont un archipel de l'océan Indien qui comporte de nombreuses espèces endémiques et espèces disparues. La faune de l’archipel des Comores peut être considérée comme une version appauvrie de la faune de Madagascar bien que des phénomènes évolutifs particuliers s'y soient produits. Les connaissances sur cette faune sont incomplètes. La faune mammalienne est pauvre malgré le nombre de biotopes. Elle est caractérisée néanmoins par la présence de deux espèces de lémuriens et d'une roussette (Pteropus livingstonii) menacée d’extinction (400 individus au monde présents seulement à Anjouan et Mohéli).
De nombreuses espèces ont disparu. On trouve cependant encore :
Parmi celles-ci, 15 espèces sont vulnérables, menacées ou menacées d'extinction selon l'IUCN :
Un inventaire partiel a été fait en 1870, par A. Gevray, procureur impérial de Pondichéry. Cette liste est non exhaustive et représente les espèces identifiables en 1870
Légende:
TC: très Commun, R: rare, C: commun
Voir Liste des espèces d'oiseaux de Mayotte
de nombreux gallinacés, pigeons
Échassiers, C. Crabier, TC. Courlis, C. Chevalier, TC. Courlieu, TR. Flamant, TC. Cul-blanc, C. Aigrette, TR. Poule d'eau.
Le Souimanga de Dussumier (Nectarinia dussumieri) et le drongo de Mayotte (Dicrurus waldenii) sont endémiques du groupe d'îles.
R. Sarcelle, C. Goëlon (goéland ?), R. Plongeon, R. Fou, TR. Frégate, TC. Hirondelle de mer
TC. Papangue, C. Faucon émerillon, R. Buse, TC. Hibou
TC. Corneille mantelée, C. Guêpier blanc, C. Saint-Esprit, C. Kirambo, C. Martin-pêcheur, C. Merle, R. Pluvier, C. Huppe, C. Moineau ou C. Linot vivant en famille de 15 à 20 individus, dans un nid en forme de bourse, C. Hirondelle, C. Cardinal, C. Veuve, C. Tarin, C. Roitelet, C. Pic
Relativement peu nombreux
El nino des années 2000 a beaucoup détruit la barrière de corail, d'autre part la surpêche côtière et certaines pratiques (dans l'Union des Comores comme la pêche à l'explosif) rendent les fonds moins intéressants. Un Parc Marin a été créé à Mohéli en 1999, en partenariat avec les associations villageoises, pour protéger les tortues vertes. Cette initiative exemplaire a reçu le prix de l'Initiative Équateur par les Nations unies.
Poisson-coffre, Ostracion, Espadon, Diodon, Aiguille, Tétrodon, Loucoudana, Poisson lune, Requin (rare), perroquet, Sole, Labre, Phe, Poisson du corail, Dorade, Rouget, Thon, Mulet, Congre, Anguille, Cabot, Gourami, Seare, Poisson blanc.
En 1870, les rivières étaient pleines d'anguilles énormes ; on trouvait dans quelques unes des gouramis et des poissons blancs