La Classification classique des espèces est inventée par Carl von Linné, le père d'une taxinomie qui deviendra la systématique moderne. Un de ses élèves et collègues, le naturaliste suédois Peter Artedi, est souvent qualifié de père de l'ichtyologie du fait de ses découvertes importantes. C'est Albertus Seba, un pharmacien prospère d'Amsterdam, qui possédait une grande collection de poisson qu'il mit à la disposition d'Artedi qui permit à celui-ci de faire ses découvertes. Malheureusement, Artedi dernier se noya dans un canal de la ville à l'âge de trente ans. Linné fait paraître après sa mort, deux ouvrages de celui-ci, Bibliotheca Ichthyologica et Philosophia Ichthyologica (1738). Les connaissances de Linné sur les poissons viennent manifestement d'Artedi. Ils ont mis à jour cinq ordres supplémentaires chez les poissons : Malacopterygii, Acanthopterygii, Branchiostegi, Chondropterygii, et Plagiuri.
Linné publia à titre posthume une anthologie du journal d'Artedi, Systema Naturae. Ses apports à la taxinomie linéenne influencèrent le développement de la nomenclature binomiale, utilisée de nos jours par les ichtyologistes. Linné a également révisé les ordres introduits par Artedi, soulignant l'importance de la paire de nageoires pelviennes. Les poissons qui en sont dépourvus furent placés dans l'ordre des Apodes ; ceux possédant un abdomen, une cage thoracique ou des jugulaires pelviennes furent catégorisés sous l'ordre des Abdominales, des Thoracici et des Jugulares respectivement. Cependant, ces modifications n'étaient pas étayées par la théorie de l'évolution d'alors. De fait, il faudra attendre les travaux de Charles Darwin, un siècle plus tard, pour que soit perçue la corrélation entre les caractéristiques taxinomiques et les relations phylogénétique, les premières étant des conséquences des secondes.
Les études suivantes seront de moindre importance :
Autour des années 1750, les premières études de faunes extra-européennes paraissent. Elles sont notamment l'œuvre d'étudiants de Carl von Linné : Pehr Osbeck, Fredric Hasselquist ...
Iter Chinensis de Osbeck sur la faune de Chine, Iter Palæstinum de Hasselquist sur celle du Proche-Orient.
Il faut mentionner pour le nouveau continent : Natural History of Carolina, Florida and the Bahama Islands de Mark Catesby, première étude de la faune et de la flore d'Amérique du Nord. L'Amérique fait l'objet de plusieurs études successives dont celles de Sir Hans Sloane ou de Patrick Browne sur la Jamaïque, celle de Charles Plumier sur la Martinique.
La faune de l'Alaska et de la Sibérie sont pour la première fois décrite par Georg Wilhelm Steller. Ces régions sont alors explorées plus systématiquement, notamment par Johann Georg Gmelin et Johann Anton Güldenstädt.
Le naturaliste Wilhelm Gottlieb von Tilesius von Tilenau prend part à l'expédition de circumnavigation du capitaine Adam Johann von Krusenstern et détaille dans de nombreuses publications les poissons récoltés durant ce voyage.
Outre ces quelques exemples représentatifs d'explorateur, il faudrait citer d'autres naturalistes comme Thomas Pennant qui écrit sur les poissons de Grande-Bretagne, Johan Ernst Gunnerus sur ceux de Norvège, Otto Friedrich Müller sur ceux du Danemark, François Valentijn ( et Jan Nieuhof sur ceux de l'Asie du Sud, Henri Louis Duhamel du Monceau sur ceux de France, Francesco Cetti sur ceux de Sardaigne, Juan Ignacio Molina sur ceux du Chili et Antonio Parra pour ceux de Cuba. En 1768 est publié l'œuvre de Morten Thrane Brünnich, Icthyologia Massiliensis sur des poissons récoltés à Marseille.