Les activités développées actuellement à l'IS, qui se font à travers des projets nationaux et internationaux, concernent la plupart des domaines des sciences de la nature, en particulier les sciences de la Terre (physique du globe, géologie, géomorphologie et cartographie, télédétection appliquée à la géologie) et de la Vie (zoologie, écologie animale, botanique et écologie végétale), et visent à faire l'inventaire de l'ensemble des ressources naturelles du Maroc (faune, flore et ressources du sous-sol), en harmonie avec les priorités nationales en matière de conservation du patrimoine naturel, de l'environnement, d'éducation et de développement.
Les chercheurs de l'IS développent également des travaux dans le cadre des prestations de service (environnement, géophysique...), de projets de recherche appliquée à l'environnement, et aux grands travaux, aussi bien en milieu marin que continental.
En plus de leurs activités de recherche, les enseignants–chercheurs de l'IS participent activement à l'enseignement universitaire et à l'encadrement de jeunes chercheurs (projets de fin d'études des licences, masters et doctorats ou des stages libres), inscrits dans des établissements universitaires marocains et étrangers (Maghreb, France, Espagne,..), et contribuent à l'éducation et à la sensibilisation du public à la protection de l'environnement à travers des visites guidées.
Les principaux partenaires sont:
Sur le plan national: la Direction de l'environnement, le Haut Commissariat aux Eaux et Forêts, l'Académie Hassan II des Sciences et Techniques, l'Institut National de Recherches Halieutiques, les différentes facultés des Sciences (Rabat, Marrakech, Errachidia, Kenitra, etc..) et écoles d'ingénieurs (EHTP à Casablanca, EST à Salé...), l'Institut National d'Hygiène, Emirates Center for Wildlife Propagation...
Sur le plan international: Muséum National d'Histoire naturelle (Paris), Universités espagnoles (Complutense, Barcelona,..), organisations internationales (IOC, IUCN...).
Parmi les projets à long terme menés actuellement, les thèmes les plus importants sont: