C'est en 1870 que l'Institution reçoit par message du pape Pie IX sa devise : Timete Dominum et Nihil Aliud (« Craignez le Seigneur et rien d'autre »), s'explique par la vocation catholique de l'établissement et par le contexte de laïcisation de l'enseignement, débat qui commence à se développer en France et qui aboutira à la loi du 9 décembre 1905 de séparation des Églises et de l'État.
Le Pape tenait aussi par ce geste à remercier le dévouement que lui avaient témoigné un grand nombre d'anciens élèves du Collège qui s'étaient engagés dans les troupes pontificales pour défendre Rome, qui appartenait alors au pape, contre l'invasion du tout jeune Royaume d'Italie qui procédait ainsi à la phase finale de son unification. Les anciens élèves de l'Institution se révélèrent d'ardents combattants et se couvrèrent de gloire sur le sol italien, tandis que l'abbé Leblanc obtenait une entrevue privée avec le pape pour l'assurer de sa fidélité et de la volonté du Collège de lui venir en aide. Pie IX fut très touché de cette sollicitude.
Enfin, le 5 octobre 1882, après dix ans de relations conflictuelles avec les autorités publiques, et suite à des désaccords entre le rectorat et le supérieur à propos de la nomination de certains professeurs, la Ville de Tourcoing cesse de subventionner le Collège. Le supérieur Leblanc se sépare alors de la tutelle du recteur de Douai, et rebaptise l'établissement : l'Institution Libre du Sacré-Cœur. Celle-ci devient un établissement privé diocésain, libéré de la tutelle de l'Université, comme le rappelle une plaque de marbre située dans le hall d'entrée : « Contra omnium expectationem, Collegium, Deo sic disponente, libertate donatum ».
En 1885, un incendie dévastateur réduit en cendres les bâtiments de l'Institution : seule la Grande Chapelle est épargnée par les flammes. Grâce au dévouement de la toute jeune Association des Anciens Elèves (créée en novembre 1882), la grande façade de la rue de Lille est rapidement reconstruite dans un style beaucoup plus beau et majestueux qu'autrefois. Il faudra toutefois quinze ans pour que les dégâts de l'incendie soient complètement résorbés : en 1900, une grande fête ouverte à tous les Tourquennois est donnée à l'occasion de l'inauguration de nouveaux bâtiments et aussi pour célébrer le départ du Supérieur Leblanc, devenu entre temps Mgr Leblanc suite à sa nomination en tant qu'évêque, qui quitte l'Institution après avoir passé quarante ans à sa direction.
Sa mort, un an à peine après son départ de la direction, endeuilla l'Institution mais son œuvre lui survécût ; et le Sacré-Cœur connut un véritable âge d'or jusqu'à la Première Guerre mondiale.
L'Institution Libre du Sacré-Cœur se compose à présent d'une école (environ 150 élèves), d'un collège (500 élèves) et d'un lycée d'enseignement général (800 élèves). Chacune de ces entités ont leur existence propre au sein de l'Institution et ont chacune leur directeur. Au niveau de l'Institution est nommé parmi les trois directeurs un coordinateur.
2005 a également été l'année d'une importante innovation : il a été créé une annexe du collège à Roncq.
En septembre 2006 ont été rétabli les conseils d'établissement (au niveau du lycée) et de maison (au niveau de l'Institution); ils avaient été supprimés dans les années 1980.
L'établissement propose les trois cursus de l'enseignement général :
Le taux de réussite à l'épreuve du baccalauréat a été de 94% pour la session 2007.
Particularité de l'Institution : elle est l'une des rares écoles de la région à conserver une classe de grec ancien.