Dès la signature du Concordat entre la France et la Papauté, des cours sont de nouveau donnés (sans autorisation officielle mais avec la complicité des habitants) dans les locaux du vieux Collège des Récollets. Le père Louis Masquelier, le dernier directeur avant la Révolution, met fin à son exil et revient diriger l'école encore clandestine durant l'année scolaire 1802-1803.
Le 29 Nivôse An XII (21 janvier 1804), le Premier Consul Napoléon Bonaparte régularise la situation et autorise officiellement la ville de Tourcoing à rouvrir son « école municipale secondaire ». L'ancien directeur, Louis Masquelier, et certains Récollets reviennent : l'ancien couvent est de nouveau fréquenté par les jeunes Tourquennois, avant de déménager au presbytère de l'église Saint-Christophe. Le presbytère se révèle vite trop étroit (malgré le faible nombre d'élèves) et surtout complètement vétuste. Par conséquent, en 1814, l'établissement, qui a entretemps récupéré son nom de « Collège Municipal », est accueilli à l'Hospice d'Havré par l'administration hospitalière qui, de concert avec la Ville, veut à tout prix empêcher la fermeture de l'établissement.
Peu après, les Hospices et Hôpitaux de Tourcoing louent au Collège un bâtiment situé rue des Orphelins (actuelle avenue Gustave Dron) : vite exigu, les agrandissements successifs n'ôteront pas son caractère précaire. Tous les directeurs qui vont suivre tenteront de déménager, mais les finances de l'école ne le permirent pas avant le milieu du XIXe siècle.
Malgré le dévouement des bons Pères (Récollets, Carmes puis Bénédictins) qui dirigent l'établissement renaissant, le succès n'est pas au rendez-vous. La mort prématurée des deux premiers directeurs, Louis Masquelier et Herménégilde Bourgois, et le découragement du troisième, François Débruyère, fragilisent un Collège qui n'a que peu d'élèves (une cinquantaine environ) ; la discipline et les résultats scolaires laissent à désirer. Le Conseil Municipal, qui envisage de le supprimer purement et simplement, fait appel à un ecclésiastique artésien dans l'espoir de relever l'établissement : l'abbé Louis-Constantin Flajolet.
De 1823 à 1831, l'abbé Flajolet dirige le Collège de Tourcoing avec un conservatisme paternel qui lui permet de redonner confiance aux parents. Il consacre l'établissement à Saint Joseph. Le collège connaît de nouveau une certaine prospérité, atteignant une centaine d'élèves. Un pensionnat est même créé. Cependant, l'établissement subit un grave revers lorsque l'abbé Flajolet, après la Révolution de 1830, est suspendu sans ménagements de ses fonctions pour légitimisme. Il s'exile à Mouscron, ville belge voisine de Tourcoing, où il fonde un nouveau collège.
Le problème est que tous ses anciens pensionnaires tourquennois, excepté un, le suivent en Belgique.
Le Collège est au bord du gouffre, et ce ne sont pas les nouveaux directeurs laïcs, Messieurs Duchâtelet et Nimal (ce dernier demeure connu dans les annales pour avoir précipité la déchéance de son établissement), qui peuvent redresser la situation. Fait révélateur, le nombre d'élèves tombe à 36 pendant l'année scolaire 1837-1838. On critique un établissement devenu "trop cher pour la commune, compte tenu de sa faible fréquentation et de ses résultats scolaires mitigés" ; on se plaint également d'une "indiscipline et d'un relâchement constant chez le peu d'élèves qui restent".
Il faut attendre le licenciement de M. Nimal en 1838 pour que la destinée du Collège change, et de manière radicale.
On évoque alors la fermeture de l'établissement. C'était sans compter l'énergie avec laquelle l'abbé Lecomte allait relever l'Institution.