Chacune des réalisations architecturales recensées ci-dessous comportait également la conception du mobilier et de la décoration.
Dans ses créations architecturales, Bethune adopta le vocabulaire formel de l’architecture flamande typique, à base de briques, de la fin du moyen âge, plus spécifiquement celle de la ville de Bruges. Par son asccendant et son enseignement, il parvint à faire admettre ce point de vue par nombre de ses disciples.
Ce parti pris formel, conjointement avec sa forte inspiration catholique et ses affinités avec le mouvement du Gothic Revival en Angleterre, est ce qui marque la différence entre son école et l’architecture néo-gothique telle que préconisée en Belgique par les académies officielles et par les partisans de Viollet-le-Duc. L’école de ce dernier était davantage intéressée par les restaurations, tandis que leurs créations nouvelles s’inspiraient en majorité de l’architecture gothique française et brabançonne. De façon générale, les créations de Viollet-le-Duc et de ses adeptes, inspirées davantage par un romantisme civil, étaient exemptes de l’idéalisme religieux et social de Bethune et de ses écoles Saint-Luc.
Outre ses projets en architecture, sa très vaste œuvre comprend des ouvrages dans quasiment tous les arts plastiques et décoratifs. Depuis la Belgique, ses projets se répandirent dans la plupart des autres pays européens. La qualité de son travail peut se juger le mieux à ses projets architecturaux intégrés, lesquels combinent toutes les formes d’art, comme le château de Loppem, l’ensemble d’édifices de Vivenkapelle (comprenant une église, un presbytère et une école associée à un couvent) et le grand complexe de l’abbaye de Maredsous. Les ouvrages de Bethune présentent un caractère architectural, archéologique et didactique prononcé. Par ses vitraux (p.e. dans les cathédrales de Bruges, Gand, Anvers et Tournai), par ses peintures murales (p.e. dans le château de Maaltebrugge, 1862–1864) et par ses mosaïques (dans la cathédrale d'Aix-la-Chapelle, 1872), il contribua grandement à redonner vie à ces formes d’expression artistiques.
Parmi ses principales réalisations de créateur d’objets d’orfèvrerie et d’argenterie, on peut citer sa Tiare belge offert au pape Pie IX en 1871, la châsse de Charles le Bon dans la cathédrale Saint-Sauveur de Bruges (1883), et la châsse de saint Lambert dans la cathédrale Saint-Paul de Liège (1884).