KDE et GNOME ont une approche différente de ce que doit être une interface graphique :
Il arrive que les partisans de KDE et GNOME se lancent dans de longues discussions stériles ayant pour origine tel ou tel troll opposant les deux environnements, comme le moins gourmand en ressource mémoire ou processeur.
De manière à faire cohabiter différents environnements, Freedesktop.org a été créé avec pour objectif d'être une zone informelle de collaboration entre eux (mais ouverte aux autres) et visant à harmoniser l'infrastructure commune comme les raccourcis claviers, la détection du matériel, l'échange de données entre applications (comme avec le copier-coller, couper-coller et glisser-déposer), etc. C'est ainsi que depuis plusieurs années les applications KDE fonctionnent sous GNOME et inversement. Il reste néanmoins des choix d'ergonomie différents et des fonctionnalités pas toujours correctement intégrées.
Lorsque l'on utilise simultanément des programmes GNOME et KDE, les deux bibliothèques graphiques sont chargées. Aujourd'hui cela pose rarement un problème en ce qui concerne la mémoire vive, mais nuit à l'efficacité du cache sur le microprocesseur.
Certains économiseurs d'écran (screensavers) conçus au départ pour GNOME ne donnent pas accès à la totalité de leur paramétrage sous KDE pour des raisons d'homonymies de méthodes virtuelles.
En 2005, Linus Torvalds fit parler de lui lorsque dans la liste de diffusion de GNOME, il encouragea les gens sous GNOME à passer sous KDE. Il écrivit dans un autre message que GNOME semblait être programmé par des « nazis de l'interface ». Ceci faisait suite à une dispute sur l'ajout ou non de fonctions avancées dans le logiciel d'impression de GNOME. Cette attaque ne fut pas du goût des responsables de KDE et Aaron Seigo (un important développeur de KDE) appela au calme en disant qu'il était normal et nécessaire que les deux environnements fassent des choix d'interface différents et que le dénigrement d'un bureau ne contribuait pas à renforcer l'autre, mais au contraire, lui nuisait via la polémique que ce genre d'interventions génère inévitablement, alors même que GNOME et KDE ont à travailler ensemble, notamment pour obtenir le soutien des entreprises de développement indépendantes, de meilleurs pilotes, l'amélioration de X11 et un Freedesktop plus fonctionnel.
Début 2009, peu avant la sortie de KDE 4.2 et sans pour autant revenir sur ses déclarations précédentes, Linus Torvalds a annoncé utiliser GNOME sur sa distribution personnelle (Fedora). La raison de ce changement, pour cet utilisateur habitué à KDE, a été la sortie de KDE 4 qui est, selon lui, un désastre dans l'état actuel des choses. Il a cependant admis qu'il envisageait de tester à nouveau KDE d'ici quelques mois, afin de voir les progrès réalisés. La rupture entre KDE 3 et 4, bien que peut-être judicieuse, a été menée, toujours selon lui, de manière trop abrupte et maladroite, là où les développeurs de GNOME en auraient discuté plus ouvertement, et auraient probablement revu leur copie.
KDE est un grand projet. Le travail accompli peut se mesurer en quelques chiffres :
Ces chiffres peuvent sembler impressionnants, mais l'ampleur de la tâche l'est encore plus. Un projet comme OpenOffice.org, équivalent à un simple sous-projet de KDE (KOffice) est à lui tout seul légèrement plus gros en termes de lignes de code. L'explication avancée par le projet KDE est une architecture bien pensée, un aspect rarement remarqué par les utilisateurs, mais qui rend les développeurs productifs. Cette architecture se décompose en plusieurs sous-systèmes :