Les conclusions de Matthias Rath sont très controversées.
Frank Ulrich Montgomery de la Fédération des physiciens allemands et Michael Bamberg de la Fondation allemande contre le cancer ont entamé des procédures légales contre le Matthias Rath à la suite du décès d'un enfant (Dominik Feld) souffrant d'un cancer des os avec métastases aux poumons. Les parents de l'enfant, avant sa mort, avaient fait abandonner la chimiothérapie de leur fils et l'avaient mis sous la thérapie de supplémentation nutritionnelle de Matthias Rath. Ce dernier se défend en avançant le fait que sa mort a été due aux erreurs dans la prise en charge du patient là où il était hospitalisé.
Les actions entreprises par Matthias Rath afin de persuader les Sud-Africains d'utiliser ses compléments vitaminiques pour renforcer le système immunitaire restent également controversés, d'autant que qu'il préconise l'arrêt des traitements antirétroviraux pour soigner le SIDA. Il prétend notamment que certaines personnes, dont le test de dépistage du VIH est positif, ne développent jamais de symptômes et restent en vie s'ils ne sont pas traités par les antirétroviraux. Il affirme par ailleurs que si ces personnes sont traitées par antirétroviraux, ces dernières finissent systématiquement par développer le SIDA. Il remet ainsi en cause la toxicité des traitements antirétroviraux, qu'il accuse de détruire le système immunitaire. Cette attitude est unanimement condamnée par la communauté scientifique.
Par ailleurs la Société Suisse de lutte contre le cancer a attiré l'attention sur les faiblesses du dossier scientifique de Matthias Rath, ainsi que sur les possibles dangers des dosages des préparations qu'il propose.
Matthias Rath et ses collaborateurs, Aleksandra Niedzwiecky et M. Waheed Roomi, ont conduit des travaux portant sur l'apparition des maladies, leur prévention et leur traitement. Ils sont parvenus à la conclusion que la plupart d'entre elles trouvaient leur origine dans une carence en « bioénergie » indispensable au bon fonctionnement des cellules (carence en vitamines, minéraux, oligo-éléments et acides aminés). Cette déficience associée à d'autres facteurs (hygiène de vie, stress, pollution, etc..) entraîne à plus ou moins long terme des dysfonctionnements, voire des dégénérescences au niveau cellulaire. Les formules de la médecine orthomoléculaire, ou « médecine cellulaire » pourraient en cela aider à prévenir ou à traiter la plupart de ces affections, y compris le cancer.
Toutefois, il n'existe ni thérapie, ni posologie standard, car chaque organisme réagit différemment suivant des paramètres qui lui sont propres (facteurs héréditaires, mode de vie, environnement, etc..).
Le 21 juin 1997, à la salle des fêtes de Chemnitz, Matthias Rath a tenu un discours concernant le Programme de Chemnitz. Au cours de ce discours, il a fustigé le soutien apporté par le gouvernement allemand à la « Commission Codex Alimentarius », qu'il présente comme une initiative de l'industrie pharmaceutique visant, selon lui, à interdire au niveau mondial toute information en matière de santé en rapport avec des vitamines et autres thérapies naturelles.