La salle des Minéraux et Météorites (Voir Météorite) permet de découvrir l'impressionnante variété de formes et de couleurs existant chez les cristaux. De plus, cette salle contient une des plus importantes collections de Météorites au monde. On y trouve notamment des Météorites datant de la formation du système solaire, il y a 4,5 milliards d'années, provenant pour la plupart des collections du célèbre scientifique Alexander von Humboldt. L'exposition de Météorites du Musée comprend aussi des échantillons originaux ayant appartenu à Ernst Chladni, fondateur de la théorie de l'origine cosmique des météorites.
Les spécimens de cette salle illustrent l'évolution des mammifères et notamment des hommes. L'évolution et la diversité des insectes sont également traités.
Parmi les 80 espèces de poissons vivant dans nos lacs et rivières, une cinquantaine sont représentés dans leur environnement naturel. Le silure est remarquable par sa taille exceptionnelle. Ce carnassier glouton n'a que de très petites dents mais il aspire dans son énorme gueule avec une puissance extraordinaire ses proies telles que: Poissons, grenouilles, petits mammifères et oiseaux aquatiques.
Meries, grives (Voir Grive), pinsons (Voir Pinson) et de nombreux autres spécimens d'oiseaux exposent leur plumage grâce à plus 300 modèles taxidermiques.
Des modèles uniques représentant des insectes indigènes à l'échelle 100, œuvres d'Alfred Keller furent crées en papier mâché, plâtre, cire, bois et cellulose entre 1930 et 1955.
Presque toutes les espèces des mammifères d'Europe Centrale sont représentées dans ces dioramas. Un diorama est une reproduction en trois dimensions d'un animal naturalisé dans son environnement naturel. La collection des mammifères indigènes comprend des animaux comme le cerf et le daim. Les dioramas les plus vieux datent des années trente du siècle dernier mais de nouveaux dioramas ont récemment été crées par les employés du Département des Expositions du Musée.
Les collections zoologiques du musée font partie des plus grandes du monde et comptent plus de 21 millions d’objets.
Poissons : Les collections d’ichtyologie comptent 1 100 squelettes, 1 750 spécimens séchés et plus de 130 000 spécimens conservés dans du formol. Elles sont riches de 1 700 types différents. Les exemplaires les plus anciens sont ceux de Marcus Elieser Bloch (1723-1799) et de Peter Simon Pallas (1741-1811) et datent du XVIIIe siècle. Parmi les autres collections d’importance historique, il faut citer celles de Johannes Peter Müller (1801-1858), celles d’Amérique du Sud de Alexander von Humboldt (1769-1859), Robert Hermann Schomburgk (1804-1865) et Moritz Richard Schomburgk (1811-1891), celles d’Afrique de Wilhelm Carl Hartwich Peters (1815-1883), Franz Ludwig Stuhlmann (1863-1928), et Friedrich Fülleborn (1866-1933), celle du Japon de Franz Martin Hilgendorf (1839-1904), celles de la Mer Rouge de Friedrich Wilhelm Hemprich (1796-1825), Christian Gottfried Ehrenberg (1795-1876) et Carl Benjamin Klunzinger (1834-1914), et celles du sud-est asiatique de Francis Day (1829-1889) et de Eduard Carl von Martens (1831-1904).
Mammifères : Ce département compte 150 000 spécimens dont un millier de types différents, fruit de deux cents ans d’effort notamment d’Hinrich Lichtenstein (1780-1857), de Wilhelm Peters (1815-1883), de Paul Matschie (1861-1926) et bien d’autres.
Crustacés : 27 000 spécimens sont conservés dans ce département, les plus anciens sont ceux rassemblés par Johann Friedrich Wilhelm Herbst (1743-1807).
Invertébrés marins : Ce département compte 40 000 spécimens d’onze phylums comme les porifères, les cnidaires, les échinodermes, etc. Les principales collections ont été faites durant le XIXe siècle et au début du XXe siècle notamment par Christian Gottfried Ehrenberg (1795-1876), Carl Benjamin Klunzinger (1834-1914), Ludwig Heinrich Philipp Döderlein (1855-1936), Fritz Schaudinn (1871-1906), de Willy Georg Kükenthal (1861-1922), ...
Mollusques : Cinq millions de spécimens sont conservés ce qui en fait la deuxième collection en nombre de spécimens du muséum après celle d’entomologie. Nombre d’entre eux ont été rassemblés par Eduard Carl von Martens (1831-1904). Le muséum a acquis, au cours de l’histoire, différentes collections historiques comme celles de Wilhelm Bernhard Rudolph Hadrian Dunker (1809-1885), de Friedrich Paetel (1812-1888), de Franz Alfred Schilder (1896-1970)...
Insectes : Le département compte neuf millions de spécimens.