Le site abrite le musée de la civilisation celtique, construit par Pierre-Louis Faloci et ouvert au public en 1996. Pierre-Louis Faloci est également l'architecte du centre de recherche archéologique européen de Bibracte, ouvert en 1994. La construction architecturale correspond à l'évolution des âges de l'humanité : base en pierre taillée, mur polie de pradesh et toit métallique. Quant aux façades, ce sont de grandes baies vitrées, l'une est cachée par le mur de pradesh (côté vallée) alors que celle qui fait face au site laisse libre cours au regard des visiteurs. Le musée possède peu de collections propres, de nombreux objets exposés sont des prêts d'autres musées, on a donc pu y admirer pendant quelques années le calendrier de Coligny et le Chaudron de Gundestrup.
Les 2 000 m2 d'exposition du musée sont agencés sur deux étages. Le 1er étage (et le premier dans la visite) retrace la découverte du site et place Bibracte dans un contexte global de la culture celte européenne. La plupart des sujets y sont traités : guerre, ère des oppida, commerce avec la Méditerranée, agriculture.
Le rez-de-chaussée, constitué de plusieurs alcôves retrace quant à lui la vie des Éduens à Bibracte. Objets de la vie quotidienne, bijoux, urnes funéraires, ateliers artisanaux y sont reconstitués ou exposés.
Des expositions estivales sont également à l'honneur au musée et traitent d'un sujet précis sur le monde celte :
Situé à quatre kilomètres du Beuvray, sur la commune de Glux-en-Glenne (Nièvre), il comporte l'une des plus importantes bibliothèques sur le monde celtique, régulièrement approvisionnée par les chercheurs européens qui y amènent leurs doubles. On y trouve également un dépôt archéologique, l'administration du parc archéologique, différents locaux techniques, une salle de séminaire et, dans le village, un réfectoire et plusieurs gîtes. C'est le lieu de rencontre des archéologues, étudiants et chercheurs venus de l'Europe entière pour fouiller sur le site de Bibracte. Dans quelques mois, le centre de recherche s'agrandira pour accueillir le centre de sauvegarde régional des vestiges et collections archéologiques, devenant le lieu de référence en bourgogne dans ce domaine.