De 1865 à 1895, Gabriel Bulliot identifia Bibracte en 1867 et y entama des fouilles (notamment le quartier artisanal celte aux alentours de la porte du Rebout), à l'aide des fonds alloués par Napoléon III. En effet, passionné d'histoire, l'empereur a mis sur pied de vastes campagnes de fouilles pour retrouver les sites de la Guerre des Gaules afin de rédiger son Histoire de Jules César. Le modeste « Hôtel des Gaules » qui hébergea sur place le chercheur y a été reconstruit depuis. Joseph Déchelette, neveu de Bulliot reprend ses travaux de 1895 à 1907. Il est tué durant le premier conflit mondial. Les fouilles tombent alors dans l'oubli. En 1984, les fouilles reprennent sous l'impulsion de François Mitterrand qui proclame Bibracte site d'intérêt national en 1985. Ce terme inventé pour l'occasion va permettre au site d'être subventionné. Le label d'"intérêt national" est créé par la suite pour désigner des expositions ou des sites qui bénéficient d'un programme de diffusion et d'élargissement du public mené par le ministère de la Culture. Toujours est-il que ceci va donner l'impulsion nécessaire à un projet de fouilles d'ampleur bientôt européenne. C'est ainsi qu'est créé en 1989 le Centre archéologique européen du Mont Beuvray qui regroupera le site, le musée et le centre de recherche de Glux-en-Glenne. Il est inauguré en 1995. Par arrêté du 21 mars 1995, le ministre de la Culture, sur l'avis du Conseil national de la recherche archéologique, confirme dans la liste des sites archéologiques d'intérêt national, l'oppidum de Bibracte (Mont-Beuvray, Saint-Léger-sous-Beuvray ; Saône-et-Loire ; Glux-en-Gienne ; Nièvre). Les fouilles sont actuellement conduites par Vincent Guichard et mises en œuvre par plusieurs équipes françaises et étrangères ; les fouilles se concentrent notamment sur le quartier gaulois du Rebout, sur le vaste ensemble gallo-romain de la Pâture du Couvent et la demeure romaine du Parc aux Chevaux.
Ainsi, des spécialistes, des chercheurs, des professeurs et leurs étudiants venus de l'Europe tout entière se côtoient chaque été sur le site pour fouiller différentes parties du site. On retrouve entre autres :
Chaque université fouille le site sous forme de projets triennaux qui se tournent actuellement vers la compréhension du mode de fonctionnement d'une cité celte de la période de la Tène. Leurs recherches se composent d'un travail sur le terrain de quelques semaines qui se poursuit par une étude détaillée de la fouille et des objets découverts qui seront ensuite entreposés au centre de recherche du site.
La technique de prospection utilisée par Bulliot est rudimentaire. Elle consiste à observer les accidents du terrain puisque le mont n’a pratiquement pas évolué depuis l’époque. Ceci lui permit de relever un plan des remparts presque sans fouiller. Il employa cette technique à l’échelle du site avec le concours des topographes de l’armée qui réalisèrent une série de relevés topographiques du terrain. Seul celui du quartier du Porrey a été conservé jusqu’à nos jours.
Ces dernières années, c’est la même technique qui a été utilisée dans le même quartier du Porrey avec des outils plus précis tels que des théodolites et des GPS. En effet, la prospection aérienne ou électromagnétique est rendu impossible par la végétation qui a reboisé le mont depuis l’arrêt des pâturages et des fouilles de Déchelette et la nature du sous-sol. Une technique onéreuse mais plus rapide sera testée courant 2007, c’est la technique du scanner laser aéroporté (lidar) qui permet de passer outre la végétation et de relever en quelques minutes ce qu’il faut habituellement plusieurs semaines à mettre en œuvre au sol. Cela sera réalisé dans le but d’essayer de lever un plan complet de la ville et d’archiver la topographie des lieux.