La paléopathologie (du grec παλαιός, palaios, « ancien », πάθος, páthos, « passion, manie, maladie » et λόγος, logos, « mot, explication, étude théorique ») est une branche de la médecine spécialisée dans l'étude des maladies et des évolutions dégénératives observées chez les populations du passé.
Il s'agit d'une discipline jeune pour laquelle n'existe encore aucun enseignement spécifique : les paléopathologues se forment en analysant les restes humains, soit dans le cadre d'un enseignement médical d'anatomie pathologique ou de médecine légale, soit dans celui d'un enseignement de biologie spécialisée (anthropologie préhistorique ou paléoanthroplogie). Comme ce fut le cas pour l'égyptologie, la paléopathologie a été créée initialement par des chercheurs isolés qui ont développé méthodes et techniques et constitué peu à peu une nouvelle branche scientifique.
Les matériels d'études sont soit des restes de cadavres (en général dents et ossements, parfois squelettes entiers ou momies), soit plus rarement des matériaux divers en relation plus ou moins étroite avec l'état de santé ou les blessures subies par les individus.
Parmi les examens pratiqués directement sur les restes humains, on distingue les méthodes invasives et les méthodes non-invasives, ces dernières ne nécessitant pas de prélèvements directs sur le matériel pour éviter que la découverte soit endommagée.
Parmi les examens s'intéressant à d'autres matériaux, on peut citer l'examen des matières fécales conservées dans les latrines du Moyen Âge ou dans les coprolithes (déjections fossilisées) pour expliquer, par exemple comment les intestins ont été infestés par des parasites.
Le matériel nécessaire à ces examens se limite à l'os compact ou, si les conditions de conservation sont favorables, à d'autres tissus. L'ADN retrouvé peut être contaminé par celui d'organismes présents dans le milieu environnant le cadavre. L'analyse de l'ADN présent dans les pulpes dentaires, isolées de l'environnement extérieur, est à cet égard précieuse.
La recherche se concentre actuellement sur l'examen d'ADN anciens qui livreront peut-être des explications sur les maladies infectieuses. Dans ce domaine, une maladie comme la peste par exemple a pu être identifiée sur des squelettes du haut Moyen Âge en Bavière. Des infections parasitaires comme le paludisme ont pu aussi être décelées. Cependant les agents pathogènes infectieux ne laissent pas tous des traces génétiques détectables dans les matériels anciens : jusqu'à maintenant, par exemple, la biologie moléculaire n'a pu apporter la preuve de la syphilis. Les micro-organismes ayant un génome à ARN sont encore plus délicats à détecter du fait de la plus grande fragilité de cette molécule.
À l'avenir, les maladies génétiques seront elles aussi probablement détectées par cette méthode.