Les algues brunes, aussi nommées Phaeophyceae, sont des algues qui utilisent comme pigment collecteur de lumière, de la chlorophyllec plus un pigment brun, la fucoxanthine.
Il existe 1 500 espèces de Phaeophyceae, elles représentent les algues les plus abondantes des mers tempérées et froides. Les Fucus et les Laminaires sont récoltées sur le littoral (le goémon).
Filament ramifié microscopique, cycle isomorphe, fécondation par isogamie, pyrénoïde (dans les chloroplastes). Gamètes mâles et spores possèdent des flagelles. Exemple : Ectocarpus
Agrégats de filaments de grande taille, cycle hétéromorphe, diplophasique, fécondation par oogamie, pas de pyrénoïde. Gamètes mâles et spores possèdent des flagelles. Exemples : Laminaria, Fucus
Pigments
Chlorophylle a et c
Caroténoïdes dont la fucoxanthine (caroténoïde de couleur brune dans les complexes collecteurs de lumière)
Paroi
Il y a peu de cellulose, les parois sont surtout formées de fucanes sulfatés (polymères de fucose) et d'alginate (acide mannuronique ou alginique, polymère de mannose et de gulose).
Réserve
Il n'y a pas d'amidon mais des petites molécules carbonées : du mannitol et de la laminarine (cette derniere contient aussi des molécules de défense comme des phénols, terpènes...).